早幼粒细胞白血病PML蛋白是三阴性乳腺癌关键免疫抑制因子 [RRBS]

三阴性乳腺癌（TNBC）是一种侵袭性恶性肿瘤，治疗选择有限且常对免疫治疗产生耐药。在此，我们确定可靶向蛋白PML是通过独立且汇聚的机制介导TNBC免疫逃逸的关键因子

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时间序列回归三阴性乳腺癌PML蛋白免疫逃逸RRBSDNA甲基化HLA基因PD-L1

GSE301047: The promyelocytic leukemia PML protein is a key immune suppressor in triple-negative breast cancer [RRBS]

基本信息

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创建/更新时间

2026-10-07

资源简介

早幼粒细胞白血病PML蛋白是三阴性乳腺癌关键免疫抑制因子 [RRBS]

三阴性乳腺癌（TNBC）是一种侵袭性恶性肿瘤，治疗选择有限且常对免疫治疗产生耐药。该数据集围绕可靶向蛋白PML在TNBC免疫逃逸中的作用展开，研究确定PML是通过独立且汇聚的机制介导TNBC免疫逃逸的关键因子。PML一方面促进免疫抑制性肿瘤微环境的建立，另一方面同时损害肿瘤细胞的抗原呈递能力。机制上，PML参与炎症和干扰素-γ响应信号的慢性激活，导致包括PD-L1在内的免疫抑制基因组成性激活；此外，PML与DNMT1协同抑制HLA基因表达，从而限制细胞毒性T细胞对肿瘤的识别和杀伤。对人类TNBC数据集的分析将高PML表达与免疫激活受损及化疗反应差联系起来。本数据集为RRBS相关数据，属于肿瘤/乳腺癌分类，来源于ncbi.nlm.nih.gov。

【数据集背景】

三阴性乳腺癌（TNBC）是一种侵袭性恶性肿瘤，治疗选择有限且常对免疫治疗产生耐药。该研究旨在识别TNBC中可靶向的免疫逃逸关键因子。研究确定PML蛋白是通过独立且汇聚的机制介导TNBC免疫逃逸的关键因子。研究显示，PML促进免疫抑制性肿瘤微环境的建立，同时损害肿瘤细胞的抗原呈递。机制上，PML参与炎症和干扰素-γ响应信号的慢性激活，导致包括PD-L1在内的免疫抑制基因组成性激活；PML还与DNMT1协同抑制HLA基因表达，从而限制细胞毒性T细胞对肿瘤的识别和杀伤。对人类TNBC数据集的分析将高PML表达与免疫激活受损及化疗反应差相关联。该数据集即为该研究背景下产生的RRBS数据。

【数据内容】

该数据集英文名为GSE301047: The promyelocytic leukemia PML protein is a key immune suppressor in triple-negative breast cancer [RRBS]。从名称可知，其数据内容属于RRBS类型，即简化代表性亚硫酸氢盐测序数据，通常用于在DNA甲基化层面开展检测。该数据集所属分类为肿瘤/乳腺癌。关于该数据集所包含的具体样本数量、测序深度、覆盖区域、甲基化位点数目、分组信息、文件格式与数据体积等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为ncbi.nlm.nih.gov。其英文名称中包含GSE301047这一标识，表明其通过NCBI的GEO平台进行登记与发布。关于样本采集的具体组织类型、细胞模型、处理条件、时间节点、实验批次、测序平台与建库策略等采集细节，源站未提供。

【适用场景】

基于源站描述，该数据集适用于与三阴性乳腺癌免疫逃逸机制相关的研究场景，尤其是围绕PML蛋白作为免疫抑制因子、免疫抑制性肿瘤微环境、抗原呈递受损、炎症与干扰素-γ响应信号慢性激活、PD-L1等免疫抑制基因组成性激活、PML与DNMT1协同抑制HLA基因表达，以及高PML表达与免疫激活受损和化疗反应差之间关联等方向。由于该数据集标注为RRBS，其适用场景还涉及在DNA甲基化层面探索上述机制的研究。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

关于该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、预处理流程、比对与甲基化调用工具、质量控制标准、分析参数设置及可视化方法等，源站未提供。

【质量与限制】

关于该数据集的质量指标与使用限制，源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE301047

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE301047

标准获取流程：

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- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

三阴性乳腺癌（TNBC）是一种侵袭性恶性肿瘤，治疗选择有限且常对免疫治疗产生耐药。本研究中，我们发现可靶向蛋白PML通过独立且汇聚的机制，是TNBC免疫逃逸的关键介导因子。我们证明，PML促进免疫抑制性肿瘤微环境的建立，同时损害肿瘤细胞的抗原呈递。在机制上，我们发现PML参与炎症和干扰素-γ响应信号的慢性激活，导致包括PD-L1在内的免疫抑制基因的组成性激活。此外，PML与DNMT1协同抑制HLA基因表达，从而限制细胞毒性T细胞对肿瘤的识别和杀伤。对人类TNBC数据集的分析将高PML表达与免疫激活受损及化疗反应不佳相关联。由于靶向PML的疗法已在临床上用于白血病治疗，我们的研究结果将PML定位为增强免疫反应和改善TNBC患者预后的有前景的可操作靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别