ACSS2介导的代谢-表观遗传串扰驱动Fulvestrant耐药及新治疗靶点[CUT&Run]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE300549

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数据说明

内分泌治疗主要针对激素依赖性癌细胞，主要通过雌激素受体α（ERα）发挥作用，约70%的乳腺癌表达ERα（ER+）。尽管治疗取得了进展，仍有30-40%的ER+乳腺癌患者出现复发和转移，5年生存率仅为31.9%。我们利用当地Carle Foundation Hospital队列验证了接受氟维司群（Fulv）治疗的肝转移患者预后不良，并在肝转移患者来源异种移植（PDX）模型中检测了代谢通路，发现脂质和乙酰辅酶A生成上调。我们此前的工作表明，将Fulv与靶向酰基辅酶A合成酶短链家族成员2（ACSS2）的乙酰辅酶A合成酶抑制剂（ACSI）联合使用，可在体外协同降低ER+转移性乳腺癌（MBC）细胞的活力。我们采用多种分析方法——同位素示踪、CUT&RUN测序、免疫荧光、蛋白质印迹和RNA测序——表征了乙酰辅酶A合成抑制对Fulv诱导变化的影响。结果显示，Fulv治疗增加了ACSS2表达和乙酸利用。

同位素示踪显示，Fulv减少流向TCA循环的乙酸通量，同时促进脂肪酸合成，尽管抑制脂肪酸合成并未与Fulv产生协同作用。重要的是，在治疗耐药细胞中，ACSS2主要定位于细胞核，提示其具有表观遗传调控作用。CUT&RUN测序显示，Fulv处理增加了整体ACSS2结合位点以及ERα/ACSS2/H3K27ac重叠位点，而ACSI+Fulv联合治疗完全消除了这些位点。RNA测序显示，Fulv处理增加了细胞增殖相关基因的表达。联合治疗降低了转移负荷。我们的研究结果表明，ACSS2通过为表观遗传改变提供核内乙酰辅酶A，促进内分泌治疗耐药。靶向这些癌细胞适应性变化代表了一种新的治疗策略，可能减少转移相关的m

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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