紫杉醇治疗导致乳腺癌肺转移中的TREM2+巨噬细胞浸润 [ATAC-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE295918

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

转移是乳腺癌相关死亡的主要原因，且常发生于紫杉醇新辅助化疗失败后。肿瘤微环境促进转移，而特定宿主细胞在紫杉醇（PTX）治疗诱导的肺转移中的作用仍知之甚少。在此，我们证明PTX新辅助化疗促进乳腺癌患者肿瘤组织中髓系细胞触发受体-2（TREM2）阳性巨噬细胞浸润。同时，我们还发现肺转移患者乳腺癌组织中TREM2阳性巨噬细胞浸润更多。遗传性TREM2缺陷可减少体内PTX治疗诱导的乳腺癌肺转移，提示TREM2阳性巨噬细胞对PTX促进乳腺癌肺转移至关重要。我们进一步揭示，PTX促进肿瘤细胞分泌成纤维细胞生长因子2（FGF2），通过上调巨噬细胞中的转录因子早期生长反应因子-1（EGR1）触发TREM2转录。

TREM2表达增加会激活巨噬细胞中与上皮-间质转化（EMT）相关的细胞因子分泌，从而诱导肿瘤细胞肺转移。靶向TREM2可显著抑制荷乳腺癌小鼠的肺转移。我们的研究结果表明，紫杉醇治疗诱导的肿瘤细胞源性FGF2上调髓系巨噬细胞中的TREM2，进而通过细胞因子分泌促进邻近肿瘤细胞的EMT。我们的结果凸显了TREM2作为潜在治疗靶点，可减轻因PTX治疗导致的肺转移。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。