蒽环类药物诱导心肌细胞染色质可及性全局变化并与心血管疾病位点重叠 [ATAC-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE291260

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数据说明

包括蒽环类药物（ACs）和曲妥珠单抗在内的乳腺癌药物会增加心血管疾病（CVDs）的风险，如心房颤动（AF）和心力衰竭（HF），最终影响心肌。这些心血管疾病与基因组非编码区的数百个遗传变异相关。然而，这些药物如何影响心脏非编码基因组和心血管疾病风险位点的调控潜力尚不清楚。因此，我们测量了来自四名健康个体的iPSC衍生心肌细胞的全局染色质可及性，这些细胞分别经拓扑异构酶II（TOP2）抑制性蒽环类药物多柔比星、表柔比星和柔红霉素，以及蒽二酮类药物米托蒽醌，还有非TOP2依赖的单克隆抗体曲妥珠单抗处理3小时和24小时。我们鉴定出数万个开放染色质区域，这些区域在TOP2抑制剂处理随时间变化后呈现差异性可及性，而曲妥珠单抗处理后未见变化。早期AC响应区域位于启动子近端，并富集TOP2 beta结合的区域。晚期AC响应区域富集AC响应基因，尤其是与错配修复相关的基因。

AC反应基因附近的AC反应区域富集FOS:JUNB转录因子基序。三个AC诱导的心脏毒性相关SNP、28个AF相关SNP和14个HF相关SNP直接与晚期AC反应区域重叠。早期AC反应区域富集AF相关SNP，包括rs3176326，该SNP也与HF相关，并且是心脏组织中CDKN1A的eQTL。该SNP与TOP2 beta结合区域的染色质可及性增加、组蛋白乙酰化增加以及响应所有AC时CDKN1A表达增加相关。我们的结果证明，用AC处理的心肌细胞中染色质可及性发生大规模变化，这些变化对应于若干携带AF和HF风险位点的区域。所鉴定的药物反应性染色质区域可用于注释癌症p中的变异

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。