三阴性乳腺癌新辅助化疗期间免疫景观的单细胞转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE289825

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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
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数据说明

三阴性乳腺癌（TNBC）是最具侵袭性的亚型，通常需要将新辅助化疗（NAC）作为治疗方案中不可或缺的组成部分。对新辅助化疗达到病理学完全缓解与TNBC患者长期预后改善相关。免疫系统的功能状态在新辅助化疗疗效中发挥关键作用。在此，我们首次对NAC初始疗程期间的全身和局部免疫格局进行了研究，并确定了导致TNBC化疗耐药的因素。利用单细胞RNA测序，我们证明，在一名对NAC有应答的患者中，转录谱保持稳定，而在一名无应答者中，淋巴细胞和单核细胞群体内参与应激反应、凋亡、免疫细胞增殖和分化的基因表达出现显著失调。在NAC第一个疗程期间，无应答患者循环中的细胞毒性CD8 T细胞过表达颗粒酶B和H、颗粒溶素和穿孔素。相比之下，肿瘤内CD8 T细胞中这些因子的表达则下降。

最后，我们首次在S100A高表达MHC低表达的单核细胞群体中鉴定出髓源性抑制细胞（MDSC）的特征，并为应答者和非应答者TNBC患者计算了MDSC评分。利用一个独立的NAC反应不佳患者队列数据，验证了非应答者中MDSC评分升高。我们的数据强调了免疫系统功能在决定TNBC化疗疗效中的重要性。关键词：三阴性乳腺癌，免疫细胞，细胞毒性CD8 T细胞，化疗，髓源性抑制细胞，单细胞RNA测序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。