CDK12缺陷通过重塑核心转录机器促进表观遗传可塑性（MeDIP-seq 2）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE287617

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

细胞周期蛋白依赖性激酶12（CDK12）的失活是部分癌症的特征，但细胞如何从中获益尚不清楚，而这对选择性清除这些突变细胞是必要的。在此，我们表明CDK12活性的降低会在体外前列腺癌细胞中以及前列腺癌、卵巢癌和乳腺癌患者肿瘤中耗竭DNA甲基化。DNA甲基化并非从随机位点丢失，而是在前列腺癌中特别富集于MYC结合位点。CDK12是主要的转录延伸激酶，而MYC放大全局转录。因此，我们推断，核心转录机器，特别是RNA聚合酶II（RNA Pol II）的相互作用组，必须适应性重塑，以使癌细胞能够耐受CDK12活性的下降。确实，对RNA Pol II相互作用组的无偏质谱分析显示，同时抑制CDK12及其旁系同源物CDK13会导致DNA双链（DS）断裂感知机器迅速招募至RNA Pol II。

联合靶向CDK12和DNA断裂感应复合物的催化亚基DNA-PK，可显著抑制MYC依赖性转录及RNA聚合酶II磷酸化，这些事件之后伴随细胞死亡反应的激活。最后，我们展示CDK12活性的降低也使卵巢癌和乳腺癌细胞对DNA-PK抑制更为敏感。简而言之，我们揭示了转录延伸缺陷促进表观遗传可塑性以维持致癌转录程序，从而开辟了一个可操作的治疗弱点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。