化生性乳腺癌甲基化与空间转录组整合分析数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE283412

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

化生性乳腺癌（MpBC）是一种罕见且侵袭性强的乳腺癌类型。MpBC具有特征性的异质性，其定义在于存在多种形态学成分，通常为双相性，包括上皮成分（如非特殊型（NST）、鳞状）和间叶成分（如梭形、软骨样、骨样）。不同成分已确定的克隆性支持一种进化模型，该模型涉及多能祖细胞或线性化生转化。我们进行了甲基化谱分析，以了解不同成分的性质并探究其起源。不同形态表现出特定的甲基化谱，常见成分呈现患者间聚类，而非同一患者内不同成分的聚类。恶性鳞状成分的甲基化谱与正常鳞状细胞一致，而软骨样区域则更类似于恶性软骨肿瘤（如软骨肉瘤）；事实上，这与鳞状和软骨样MpBC表型分别对应的良好和不良预后相符。

我们采用10X Genomics Visium和轨迹分析的空间转录组学方法证实，梭形细胞在非特殊类型（NST）起源癌与多形性区域之间形成过渡，骨样分化很可能是软骨样生长模式的终末命运。这些数据支持谱系分化的转化模型。更细致地考察基因表达变化，我们还鉴定出一系列可能调控这些过程的主转录因子，并且这些因子在临床数据（METABRIC）中与化生样特征（基底型/claudin-low型；高级别；三阴性）显著相关。总之，我们的研究定义了MpBC中的微甲基化组和空间转录组图谱，并鉴定出与肿瘤异质性相关的潜在驱动因素，这些因素支持化生的转化模型，并

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。