BAP1表观调控因子缺失驱动染色质重塑导致乳腺癌干细胞特性及异常糖基化[ATACseq_3D]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE271682

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数据说明

表观遗传调控基因在控制细胞身份中起关键作用，并且在乳腺癌中经常发生失调。然而，乳腺细胞可塑性的特异性表观遗传驱动因素（表观驱动因素）及其对该表型的机制性贡献尚不明确。在此，我们采用CRISPR/Cas9功能缺失筛选策略，以鉴定在非致瘤性乳腺细胞中间充质型乳腺癌干细胞样表型出现的潜在表观驱动因素。我们发现，组蛋白去泛素化酶BAP1的缺失导致乳腺癌干细胞及多个上皮-间质转化标志物表达增加，并伴随乳腺球状体中细胞组织结构的破坏。对BAP1缺失后表观基因组和转录组变化的深入表征揭示，染色质可及性降低，且影响控制细胞糖基化程序的基因表达下调，导致聚糖丰度和复杂性降低。

BAP1的恢复以催化活性依赖的方式恢复了若干失调基因的表达，提示BAP1介导的细胞身份和糖基化调控依赖于其组蛋白去泛素化酶活性。我们的结果表明，BAP1通过破坏其组蛋白修饰和基因表达调控作用，成为乳腺细胞可塑性和糖基化异常的表观驱动因子。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。