骨髓红系微环境支持转移性生长的作用 [scRNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE270981

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数据说明

骨转移通过剧烈疼痛、骨折和活动能力下降，严重损害晚期乳腺癌患者的生活质量。成骨细胞和破骨细胞等骨驻留细胞在转移性相互作用中的作用已得到充分证实，然而，骨髓中可分化为红细胞和白细胞的造血干细胞（HSC）谱系细胞的贡献仍知之甚少。我们采用体内转移微环境标记系统和单细胞RNA测序，系统性地鉴定并功能验证了对骨转移至关重要的新型基质组分。该微环境标记系统使转移性癌细胞能够通过mCherry分泌在体内直接标记周围的微环境细胞。靠近肿瘤并吸收了分泌的mCherry的骨髓细胞，通过单细胞RNA测序进行了表征。我们的分析揭示了一个在转移微环境中富集的独特巨噬细胞群体。通过细胞分选和批量RNA测序，对这些微环境特异性巨噬细胞进行了进一步的深入表征。

该群体被鉴定为具有铁代谢能力的特化巨噬细胞，定位于红系岛内以支持红细胞生成。我们证明，在骨转移环境中，乳腺癌细胞劫持了富含铁的巨噬细胞以获取铁供自身使用。为更好地在缺氧的骨髓微环境中存活，肿瘤细胞通过上调珠蛋白基因表达和血红素合成基因来模拟成红细胞。这些发现强调了富含铁巨噬细胞在支持骨内肿瘤生长中的关键作用及其对红细胞生成的显著影响，为管理骨转移和癌症相关贫血提供了新的治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。