乳腺癌肿瘤活检获得活细胞悬液用于3D染色质构象与单细胞转录组分析

资源简介

乳腺癌肿瘤活检获得活细胞悬液用于3D染色质构象与单细胞转录组分析

GSE270363 是一个来自 NCBI 的乳腺癌相关数据集，英文全称为 Obtention of viable cell suspensions from breast cancer tumor biopsies for 3D chromatin conformation and single cell transcriptome analysis，中文可译为“从乳腺癌肿瘤活检中获取活细胞悬液用于3D染色质构象和单细胞转录组分析”。该数据集归属于肿瘤 / 乳腺癌分类，围绕乳腺癌肿瘤样本的活细胞悬液制备，服务于三维染色质构象与单细胞转录组两个层面的分析需求。数据集以 SuperSeries 形式组织，由若干 SubSeries 组成，当前可获取的文件为一个 GZIP 压缩的系列矩阵文件，主题标签涉及高通量测序表达谱分析，物种标识为 9606（人类），平台标识为 GPL24676。整体而言，该数据集适合关注乳腺癌肿瘤样本染色质三维结构与单细胞转录组特征的科研人员参考使用。

【数据集背景】

该数据集聚焦于乳腺癌肿瘤活检样本的前处理环节，即从肿瘤活检组织中获取活细胞悬液，并将这一样本制备过程与后续的3D染色质构象分析和单细胞转录组分析相衔接。源站标题直接体现了这一研究目标：为三维染色质构象与单细胞转录组分析准备可用的活细胞悬液。数据集在源站以 SuperSeries 的形式发布，其描述说明该 SuperSeries 由下列列出的 SubSeries 组成，表明该数据集在结构上是一个整合多个子系列的上层集合，用于组织围绕同一研究主题的不同数据部分。本站将其归类为肿瘤 / 乳腺癌，主题标签包含 Expression profiling by high throughput sequencing，说明其数据内容与高通量测序表达谱分析相关。

【数据内容】

数据集当前提供的文件数量为 1，文件样例为 GSE270363_series_matrix.txt.gz，即一个经过 GZIP 压缩的系列矩阵文本文件。该文件属于系列矩阵格式，通常用于承载系列层面的样本与表达信息。主题标签中列出 GPL24676 与 9606，分别对应平台标识与人类物种标识，表明数据涉及人类样本在特定平台上的表达谱检测。源站描述仅说明该 SuperSeries 由下列 SubSeries 组成，未进一步展开各 SubSeries 的具体内容、样本数量或检测指标，因此关于子系列的详细构成、样本规模与具体数据表结构，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，作者为 Mayra，Furlan-Magaril，发布时间为 Jun 20 202（源站所载日期原文如此）。数据以 SuperSeries 形式组织，源站描述指出其由下列 SubSeries 组成。关于样本采集的具体地点、伦理审批信息、活检取材的临床细节以及测序实验的具体流程，源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于研究乳腺癌肿瘤样本的染色质三维结构与单细胞转录组特征，这一用途在数据集的短描述中已有明确指向。具体而言，围绕从乳腺癌肿瘤活检中获取活细胞悬液这一环节，该数据集可支撑对样本制备后所获细胞悬液进行3D染色质构象分析与单细胞转录组分析的相关研究。由于主题标签涉及高通量测序表达谱分析，该数据集也适用于表达谱层面的分析工作。关于该数据集是否适用于其他癌种、其他样本类型或临床转化研究，源站未提供相应说明。

【使用方法】

使用该数据集时，可先下载数据文件 GSE270363_series_matrix.txt.gz，并按文件格式以 GZIP 压缩包方式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以避免因字段含义或编码差异导致批量处理出错。由于当前仅提供一个系列矩阵文件，使用时应以该文件为核心组织读取与解析流程。关于该数据集是否附带其他辅助文件、注释文件或分析脚本，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集当前可获取的文件数量为 1，数据规模与内容范围受此限制。源站描述仅说明其为由 SubSeries 组成的 SuperSeries，未提供各子系列的具体样本量、质控指标或数据完整性说明，因此无法据此评估数据的技术质量与覆盖度。发布时间在源站记为 Jun 20 202，年份信息不完整。关于数据是否存在批次效应、样本纳入排除标准以及数据更新情况，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Mayra，Furlan-Magaril，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的具体引用格式、发表文献、使用许可条款与数据再分发规定，源站未提供。