miR-662与miR-24-2-5p过表达对乳腺癌细胞基因表达的影响

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE267064

标准获取流程：

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

MicroRNAs（miRNAs）是一类小型非编码RNA，是细胞中基因表达的强大且极其多能的调控因子，在癌症进展的每一个步骤中均发挥重要作用。在此，我们报告了在人MDA-MB-231-luc2-NW1（NW1）乳腺癌细胞系（针对miR-662和miR-24-2-5p）和MCF7乳腺癌细胞系（仅针对miR-24-2-5p）转染后36小时，通过miRNA模拟物转染（分别为MIMIC-miR-662和MIMIC-miR-24-2-5p）实现miR-662和miR-24-2-5p短暂过表达后，相较于对照（MIMIC-negCTRL-FAM+）所调控的转录本列表。我们发现，在过表达miR-662的NW1细胞中，与模拟转染细胞相比，有38个转录本显著失调（17个下调，21个上调）；在过表达miR-24-2-5p的NW1和MCF7细胞中，与模拟转染细胞相比，分别有222个（187个下调，35个上调）和34个（32个下调，2个上调）转录本失调。此外，在过表达miR-24-2-5p的NW1和MCF7细胞中，与模拟转染细胞相比，共有30个转录本（29个下调，1个上调）为两者所共享。

对于miR-662，我们发现其通过刺激癌细胞干性促进乳腺癌转移（Puppo等，2023），我们观察到细胞迁移诱导透明质酸酶1（CEMIP）、白介素6受体（IL6R）、高迁移率族AT-Hook 2（HMGA2）、小泛素样修饰蛋白3（SUMO3）以及聚合酶（DNA）δ相互作用蛋白2（POLDIP2）的失调，这进一步证实了miR-662参与人NW1乳腺癌细胞获得干样表型以及miR-662对乳腺癌骨转移形成的贡献。对于miR-24-2-5p，我们发现两个转录本WD重复和FYVE结构域包含蛋白1（WDFY1）与SH3结构域结合富含谷氨酸蛋白样2（SH3BGRL2）的下调，可能解释了miR-24-2-5p通过降低乳腺癌细胞侵袭特性而发挥肿瘤 suppressor 作用的可能性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。