GSE263552：经典与非经典靶向microRNA降解调控乳腺癌细胞适应性与转录可塑性

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE263552

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数据说明

微小RNA（miRNA）在癌症生物学中发挥着关键作用，并有望成为治疗靶点。最近发现的一种机制，称为靶向miRNA降解（TDMD），涉及某些RNA转录本（“触发者”）诱导miRNA（“底物”）的降解。TDMD调控在人癌症中的程度及其在癌症表型中的意义仍知之甚少。在此，我们填补了这一空白，通过在一组乳腺癌细胞系中鉴定在TDMD阻断后转录后积累的miRNA底物。我们的方法鉴定了31个高置信度的miRNA底物，其中少数miRNA——包括miR-7、miR-29b和miR-33a/b——在多种细胞类型中受降解调控。结合eCLIP对miRNA:mRNA相互作用的全转录组映射与肿瘤内异质性的单细胞RNA测序分析，我们发现NREP限制了三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系中miR-29b的表达和活性，沿着上皮-间质轨迹微调细胞的转录和表型可塑性。最后，我们证明了非经典TDMD机制的存在。

具体而言，在TNBC细胞系中，SERPINE1以一种不依赖于ZSWIM8的方式触发miR-30c-5p的降解，从而促进癌症干细胞行为、耐药性和癌症异质性等侵袭性癌症表型。总之，我们的发现支持TDMD机制在癌症生物学中的直接作用，并表明miRNA衰变在人类病理生理学中具有更广泛的参与。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。