他莫昔芬耐药MCF7细胞系全基因组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE26083

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们利用染色质免疫沉淀高通量测序技术(ChIP-seq)报道了他莫昔芬耐药MCF7细胞系的ERα调控网络。通过将基因表达数据(先前已报道)与ChIP-seq数据整合，我们构建了ERα调控网络及通路。对于ERα调控网络，我们从ERα峰连同PolII峰中鉴定出具有富集基序的枢纽转录因子。随后，我们扫描特定基因ERα峰区域的位重矩阵(PWM)，以揭示枢纽转录因子与普通转录因子之间的调控关系。对于调控通路，我们根据基因在4个不同时间点的表达值对其进行分组，然后鉴定出在各组各时间点发挥重要作用的枢纽转录因子。本研究为应用ChIP-seq和基因表达数据构建ERα调控网络提供了一个框架。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。