肿瘤细胞JAGGED-1促进淋巴结转移并预测淋巴结阳性乳腺癌患者复发

资源简介

肿瘤细胞JAGGED-1促进淋巴结转移并预测淋巴结阳性乳腺癌患者复发

GSE253036 是一个来源于 NCBI 的肿瘤学数据集，主题聚焦于乳腺癌中肿瘤细胞 JAGGED-1 的作用。该数据集对应的研究题为“Tumor Cell JAGGED-1 Promotes Lymph Node Metastasis and Predicts Recurrence in Lymph Node Positive Breast Cancer Patients”，即肿瘤细胞 JAGGED-1 促进淋巴结转移，并可预测淋巴结阳性乳腺癌患者的复发。数据集属于肿瘤 / 乳腺癌分类，采用高通量测序进行表达谱分析，物种为人（9606），平台编号为 GPL24676。数据集由 Naiche L. Adler 提交，发布时间为 2024 年 1 月 11 日，包含 1 个文件，样例文件名为 GSE253036_series_matrix.txt.gz。整体而言，该数据集可用于探索 JAGGED-1 在淋巴结阳性乳腺癌转移与复发预测中的表达特征。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI，标题明确指出其研究核心是肿瘤细胞中的 JAGGED-1 在淋巴结阳性乳腺癌患者中的作用。研究关注两个相互关联的临床问题：其一，JAGGED-1 是否促进淋巴结转移；其二，它是否能够预测患者的复发。乳腺癌是常见的恶性肿瘤之一，淋巴结转移状态是评估预后和制定治疗方案的重要依据，而淋巴结阳性患者群体通常面临更高的复发风险。因此，围绕 JAGGED-1 这一分子展开表达谱研究，有助于理解肿瘤细胞与淋巴结微环境之间的相互作用，并可能为复发风险分层提供候选生物标志物。该数据集所属分类为肿瘤 / 乳腺癌，主题标签包含“Expression profiling by high throughput sequencing”，说明其数据产生方式为高通量测序表达谱分析。

【数据内容】

该数据集包含 1 个文件，样例文件名为 GSE253036_series_matrix.txt.gz。从文件命名来看，这是一个系列矩阵文件，通常用于汇总表达谱数据及其样本注释信息。源站描述指出：“This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.”，表明该条目是一个超级系列（SuperSeries），由若干子系列（SubSeries）组成。数据主题标签包括 GPL24676 和 9606，分别对应测序平台编号和人类物种编号。数据集采用高通量测序进行表达谱分析，因此其内容应涉及基因表达水平的定量信息。除上述信息外，关于具体样本数量、分组方式、基因数量、表达值范围等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 旗下的公共数据资源。作者为 Naiche L. Adler，发布时间为 2024 年 1 月 11 日。数据集英文名为 GSE253036，源站标题与数据集英文名一致，均为“Tumor Cell JAGGED-1 Promotes Lymph Node Metastasis and Predicts Recurrence in Lymph Node Positive Breast Cancer Patients”。主题标签中的 GPL24676 代表所使用的测序平台，9606 代表人类。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、患者纳入排除标准等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于乳腺癌转移与复发相关的表达谱研究。具体而言，可用于分析 JAGGED-1 在淋巴结阳性乳腺癌中的表达模式，探索其与淋巴结转移及患者复发之间的潜在关联。由于采用高通量测序表达谱技术，该数据也可用于差异表达分析、通路富集分析、候选生物标志物筛选等常见转录组研究场景。此外，该数据集可作为超级系列，与其子系列联合使用，以获取更完整的分析视角。对于关注肿瘤微环境、细胞间通讯以及淋巴结转移机制的科研人员，该数据集具有参考价值。但需注意，任何具体结论都应基于对原始数据的独立分析，源站未提供预设的分析结果或临床终点结论。

【使用方法】

使用该数据集时，可先下载数据文件 GSE253036_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包格式，需按相应格式进行读取和解压。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以避免因格式或注释问题导致分析错误。读取后，可结合平台编号 GPL24676 对应的注释信息，将探针或基因标识映射到基因层面。由于该条目为超级系列，若需获取更细粒度的数据，可进一步查找其下属子系列。在分析过程中，应注意表达值的标准化方式、样本分组信息以及批次效应等问题。源站未提供具体的分析流程或代码，使用者需根据自身研究目的选择合适的方法。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI 公共数据库，具有一定的权威性和可获取性。其主题标签明确，平台和物种信息清晰，便于检索和复用。然而，当前可获取的信息有限：文件数量仅为 1 个，且源站描述仅说明其为超级系列，未提供样本量、临床信息、数据质量评估等细节。因此，在使用时需注意以下限制：第一，无法从现有信息判断样本是否具有代表性；第二，缺乏临床随访数据的详细说明，可能影响复发预测分析的深度；第三，超级系列与子系列之间的关系需要进一步核实；第四，源站未提供数据质量控制指标。使用者应在分析前自行评估数据质量，并谨慎解释结果。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Naiche L. Adler，发布时间为 2024 年 1 月 11 日，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。使用该数据集时，应遵循 NCBI 的相关数据使用政策和许可要求。关于具体的引用格式、许可类型、是否允许商业使用、是否需要联系作者获取额外授权等信息，源站未提供。建议使用者在发表研究成果时，引用该数据集的正式标题和登录号 GSE253036，并查阅 NCBI 页面以获取最新的引用与许可说明。