单细胞分析鉴定TCF4和ID3作为乳腺上皮干细胞分化分子开关 [mm_scRNAseq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE250111

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

乳腺上皮干细胞（MaSCs）可生成构成乳腺的各类上皮细胞。然而，调控MaSCs分化的分子机制尚未被充分理解。我们对小鼠乳腺上皮细胞进行了全面的scRNA-seq分析，并鉴定出一个具有MaSCs分子特征的独特细胞群。在进一步纯化和详细分析后，我们发现这些细胞并非均一。相反，我们鉴定出三个不同的亚群，它们代表谱系定向的初始阶段。我们推断了发育轨迹，发现其中一个亚群代表双潜能MaSCs，腔面和基底谱系由此分化。利用网络方法，我们进一步鉴定出E2-2（Tcf4）和ID3是可能影响MaSC分化的潜在分子开关。最后，我们在人乳腺组织中验证了这些新型MaSC亚群的存在，并检查了它们在多种乳腺癌亚型中的特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。