乳腺癌进展中多层次3D基因组组织的退化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE246689

标准获取流程：

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数据说明

乳腺癌进展涉及基因组组织和表达的复杂多层次改变。为了深入了解乳腺癌进展过程中染色质三维（3D）结构的变化，我们在乳腺癌进展的体外模型中，将Hi-C数据与核纤层相关结构域（LADs）、表观基因组标记和基因表达相结合进行了分析。我们的结果揭示，尽管拓扑关联结构域（TADs）的基本特性在很大程度上保持稳定，但区室和亚区室的组织发生了显著变化。这些变化与致癌基因表达的改变密切相关。我们还观察到TAD-TAD相互作用的重新组织，这与3D基因组空间区室化和径向定位的丧失相吻合。值得注意的是，我们发现了一个此前未被认识的染色体间插入事件，其中位于8号染色体上包含MYC致癌基因的位点被插入到10号染色体的一个高度活跃区域。

这种插入事件导致新发增强子接触的形成和癌基因的激活，展示了结构变异如何与三维基因组相互作用以驱动致癌状态。总之，我们的发现为乳腺癌进展过程中基因组组织在多个尺度上的退化提供了证据，揭示了基因组结构与致癌过程之间复杂的相互作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。