PVRL4表达受FOS家族蛋白转录调控的ATAC数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE240039

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Nectin-4（又称PVRL4）是一个有前景的治疗靶点，因为已在多种人类癌症中发现其表达增强。值得注意的是，针对PVRL4的抗体偶联药物Enfortumab Vedotin已临床用于治疗尿路上皮膀胱癌。此外，rMV-SLAMblind是一种经基因工程改造的溶瘤麻疹病毒，可通过与PVRL4的相互作用感染癌细胞并诱导细胞凋亡。尽管PVRL4的转录本在乳腺癌、肺癌和卵巢癌中升高，但其过表达的机制尚未被揭示。为阐明乳腺癌细胞中PVRL4表达升高的调控机制，我们利用ATAC-seq和ChIP-seq数据寻找其调控区域。利用乳腺癌细胞，我们鉴定出一个增强子区域。进一步分析揭示，FOS与该增强子区域相互作用，且FOS结合基序的改变降低了报告基因活性。与这些数据一致，外源性表达FOS不仅增强了报告基因活性，还增强了乳腺癌细胞中PVRL4的表达。

此外，使用PVRL4-siRNA处理乳腺癌细胞进行的RNA-seq分析显示，PVRL4可能参与细胞因子反应和免疫系统。这些数据表明，FOS至少部分参与乳腺癌细胞中PVRL4表达的调控，并且PVRL4表达升高可能调节癌细胞对细胞因子和免疫系统的反应。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。