GSE234948：NOP16 作为组蛋白模拟物调控 H3K27 甲基化与基因抑制

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE234948

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数据说明

组蛋白尾部的翻译后修饰改变染色质可及性，从而调控基因表达。一些病毒利用组蛋白修饰的重要性，表达含有组蛋白样序列的组蛋白模拟蛋白，以螯合识别修饰组蛋白的复合物。在此，我们鉴定出一种进化上保守且广泛表达的内源性哺乳动物蛋白——核仁蛋白16（NOP16），其功能为H3K27模拟物。NOP16与H3K27三甲基化PRC2复合物中的EED结合，并与H3K27去甲基化酶JMJD3结合。NOP16敲除可选择性地全局增加H3K27me3这一异染色质标志，而不改变H3K4、H3K9或H3K36的甲基化或H3K27的乙酰化。NOP16在乳腺癌中过表达并与不良预后相关。在乳腺癌细胞系中敲低NOP16会导致细胞周期阻滞，降低细胞增殖，并选择性地降低E2F靶基因以及参与细胞周期、生长和凋亡的基因的表达。

相反，在三阴性乳腺癌细胞系中异位表达NOP16可增加体外细胞增殖、细胞迁移和侵袭性以及体内肿瘤生长，而NOP16敲除或敲低则产生相反效果。因此，NOP16是一种组蛋白模拟物，与组蛋白H3竞争H3K27甲基化和去甲基化。当其在癌症中过表达时，它去抑制促进细胞周期进程的基因，从而增强乳腺癌生长。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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