GSE228312：金线草乙酸乙酯提取物通过抑制SKP2/P21信号轴抑制三阴性乳腺癌细胞增殖

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE228312

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：金线草是中国传统使用的草药。我们的研究发现，金线草的乙酸乙酯提取物（AF-EAE）能够抑制三阴性乳腺癌细胞（TNBC）的增殖。然而，AF-EAE作用于TNBC的潜在机制尚不清楚。方法：在此，我们对经两种浓度AF-EAE处理24小时的MDA-MB-231细胞进行了RNA测序。通过质量过滤的序列读长在转录本异构体水平上使用hisat2进行分析，随后使用HTSeq。结果：采用优化的数据分析流程，RNA-seq数据显示，低浓度药物处理后有1，392个差异表达基因（DEGs），高浓度药物处理组有2，847个DEGs，倍数变化≥1.5且p值<0.05。通过qRT-PCR确认了六个基因的表达变化，证明了RNA-seq方法的高灵敏度。基于KEGG通路富集分析结果，细胞生长相关通路如“p53信号通路”和“细胞周期”被显著富集。

此外，GSEA分析表明，AF-EAE处理的MDA-MB-231细胞中的DEGs在“细胞周期”、“DNA复制”和“G2/M细胞周期”中也显著富集。结论：我们的研究表明，AF-EAE可通过诱导细胞周期阻滞抑制TNBC的增殖。同时，我们提供了一种治疗乳腺癌的新潜在药物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。