DOT1L 调控染色质上 MYC/Mondo 周转

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE223175

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DOT1L是哺乳动物中唯一已知的组蛋白H3第79位赖氨酸甲基转移酶。这种甲基化标记存在于活跃转录基因的基因体、启动子和增强子中，对于维持开放染色质结构至关重要。DOT1L在多种癌症中被认为是癌蛋白。然而，目前我们对DOT1L致癌作用机制的理解尚不完整，近期研究表明DOT1L能够以不依赖甲基转移酶的方式调控转录，并可与c-MYC协同作用。在此，我们构建了DOT1L/+敲除的MDA-MB-231乳腺癌细胞系，在该细胞系中我们观察到c-MYC积累增加，但靶基因表达并未相应增加。在c-MYC依赖性基因表达整体降低的情况下，c-MYC的积累表明，当DOT1L水平降低时，c-Myc启动子结合不足以诱导转录。我们发现DOT1L使c-MYC不稳定，并与蛋白酶体协同激活c-MYC驱动的基因转录。此外，我们在体外发现了DOT1L对c-MYC的一种新型蛋白水解活性，该活性可能在染色质上c-MYC的周转中发挥作用。

DOT1L对c-MYC的这种新型调控途径可能为癌症治疗开辟新方法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。