软组织与骨肉瘤HRD特征及治疗机会数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE221532

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

基因组不稳定性是许多癌症的标志性特征。癌细胞中的异常增殖导致同源重组（HR）DNA双链断裂（DSB）修复通路相关基因改变的积累。HR介导修复（HRR）缺陷会加剧基因组不稳定性，并与不良预后和转移的发生相关。确定特定肿瘤中的HRR缺陷（HRD）具有重要的临床意义，因为它与治疗脆弱性相关。HRD已在某些肿瘤类型（如卵巢癌和乳腺癌）中得到广泛研究，但在肉瘤——一种罕见且异质性的间叶来源癌症——中仍很大程度上未被探索。在此，我们表明特定的肉瘤实体以高水平的基因组不稳定性特征和HRR基因中广泛的分子改变为特点，同时表现出复杂的染色体不稳定性特征模式。此外，携带HRD特征的肉瘤表现出独特的SARC-HRD转录特征，该特征可预测患者来源的离体肉瘤模型对PARP抑制剂的敏感性。

同时，HRD高肉瘤细胞模型在DNA损伤后缺乏RAD51核焦点形成，进一步证明了HR介导的DNA修复存在缺陷。我们进一步确定WEE1激酶是具有HRD特征肉瘤的治疗脆弱点，并在患者来源的离体细胞模型和平滑肌肉瘤患者中展示了联合DNA损伤剂与DNA修复通路抑制剂的临床获益。总之，我们提供了迄今为止对肉瘤中HRD特征最全面的分析，并支持一种从实验室到临床的个性化肿瘤学方法，以成功治疗肉瘤患者。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。