BET抑制通过抑制m6A写入复合物阻断全局转录

该数据集来自NCBI GEO,标题为BET抑制通过抑制m6A写入复合物阻断全局转录,属于肿瘤/乳腺癌分类。研究建立了METTL3重建细胞并用JQ1处理,以表征m6A修饰在介导BRD4依赖的生物学功能中的作用

geo
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基因组分类GPL207959606
GSE219191: BET inhibition abrogates global transcription via repressing m6A writer complex

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-24

资源简介

BET抑制通过抑制m6A写入复合物阻断全局转录

GSE219191 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达数据集,标题为“BET inhibition abrogates global transcription via repressing m6A writer complex”,即 BET 抑制通过抑制 m6A 写入复合物阻断全局转录。该数据集归入肿瘤/乳腺癌分类,围绕 m6A 修饰在介导 BRD4 依赖的生物学功能中的作用展开研究。研究者建立了 METTL3 重建细胞并用 JQ1 处理,以考察相关生物学效应。数据集由 Xiao,Lu 提交,发布时间为 Dec 01 202,包含 1 个文件,样例文件为 GSE219191_series_matrix.txt.gz,主题标签涉及高通量测序表达谱分析、GPL20795 平台与 9606 物种信息。

【数据集背景】

该数据集关注 BET 抑制与 m6A 修饰之间的关联。源站描述指出,研究的目的是表征 m6A 修饰在介导 BRD4 依赖的生物学功能中的作用。为此,研究者建立了 METTL3 重建细胞,并使用 JQ1 进行处理。标题进一步概括了研究结论的方向,即 BET 抑制通过抑制 m6A 写入复合物而阻断全局转录。数据集被归入肿瘤/乳腺癌分类,说明其研究语境与肿瘤生物学中的乳腺癌方向相关。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE219191_series_matrix.txt.gz。主题标签包括“Expression profiling by high throughput sequencing”,表明数据属于高通量测序产生的表达谱数据;同时列出 GPL20795 与 9606,分别对应芯片/测序平台标识与人类物种标识。除上述文件与标签信息外,源站未提供关于样本数量、分组设计、具体基因数量或表达矩阵维度的进一步说明。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI GEO 数据库。源站描述说明实验体系为 METTL3 重建细胞并经 JQ1 处理,用于研究 m6A 修饰在 BRD4 依赖功能中的作用。作者为 Xiao,Lu,发布时间为 Dec 01 202。除这些信息外,源站未提供更详细的采集地点、实验批次或测序深度等信息。

【适用场景】

该数据集适用于关注 BET 抑制剂 JQ1、m6A 写入复合物、METTL3 以及 BRD4 依赖转录调控的研究场景,也可用于肿瘤/乳腺癌相关表达谱分析的方法学参考。由于主题标签为高通量测序表达谱分析,其数据形式适合用于转录表达层面的比较研究。具体可支持的统计比较或验证范围,源站未提供。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE219191_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入分析流程。源站未提供额外的预处理步骤、标准化方法或分析脚本说明。

【质量与限制】

数据集仅有 1 个文件,源站未提供样本量、重复数、质控指标或缺失值情况等质量信息。由于缺乏这些细节,使用者难以在未检查文件内容的情况下评估数据完整性与适用范围。此外,发布时间写作 Dec 01 202,年份信息不完整,源站未提供更明确的日期说明。

【引用与许可】

作者为 Xiao,Lu,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站未提供许可条款、使用限制或具体引用格式,使用时应遵循 NCBI GEO 的通用要求并核对源站页面信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE219191

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为表征m6A修饰在介导BRD4依赖性生物学功能中的作用,我们建立了METTL3重建细胞并用JQ1处理。BRD4通过多种机制指导基因转录。在此,我们特别关注BETi依赖的转录组或由m6A介导调控所协调的转录组。为此,我们首先需要通过回补野生型METTL3或METTL3-CD突变体(METTL3的催化失活形式)在METTL3敲低细胞中进行挽救实验,以鉴定真正的m6A依赖性转录本。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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