BET抑制通过抑制m6A写入复合物阻断全局转录
该数据集来自NCBI GEO,标题为BET抑制通过抑制m6A写入复合物阻断全局转录,属于肿瘤/乳腺癌分类。研究建立了METTL3重建细胞并用JQ1处理,以表征m6A修饰在介导BRD4依赖的生物学功能中的作用

基本信息
资源简介
BET抑制通过抑制m6A写入复合物阻断全局转录
GSE219191 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达数据集,标题为“BET inhibition abrogates global transcription via repressing m6A writer complex”,即 BET 抑制通过抑制 m6A 写入复合物阻断全局转录。该数据集归入肿瘤/乳腺癌分类,围绕 m6A 修饰在介导 BRD4 依赖的生物学功能中的作用展开研究。研究者建立了 METTL3 重建细胞并用 JQ1 处理,以考察相关生物学效应。数据集由 Xiao,Lu 提交,发布时间为 Dec 01 202,包含 1 个文件,样例文件为 GSE219191_series_matrix.txt.gz,主题标签涉及高通量测序表达谱分析、GPL20795 平台与 9606 物种信息。
【数据集背景】
该数据集关注 BET 抑制与 m6A 修饰之间的关联。源站描述指出,研究的目的是表征 m6A 修饰在介导 BRD4 依赖的生物学功能中的作用。为此,研究者建立了 METTL3 重建细胞,并使用 JQ1 进行处理。标题进一步概括了研究结论的方向,即 BET 抑制通过抑制 m6A 写入复合物而阻断全局转录。数据集被归入肿瘤/乳腺癌分类,说明其研究语境与肿瘤生物学中的乳腺癌方向相关。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE219191_series_matrix.txt.gz。主题标签包括“Expression profiling by high throughput sequencing”,表明数据属于高通量测序产生的表达谱数据;同时列出 GPL20795 与 9606,分别对应芯片/测序平台标识与人类物种标识。除上述文件与标签信息外,源站未提供关于样本数量、分组设计、具体基因数量或表达矩阵维度的进一步说明。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI GEO 数据库。源站描述说明实验体系为 METTL3 重建细胞并经 JQ1 处理,用于研究 m6A 修饰在 BRD4 依赖功能中的作用。作者为 Xiao,Lu,发布时间为 Dec 01 202。除这些信息外,源站未提供更详细的采集地点、实验批次或测序深度等信息。
【适用场景】
该数据集适用于关注 BET 抑制剂 JQ1、m6A 写入复合物、METTL3 以及 BRD4 依赖转录调控的研究场景,也可用于肿瘤/乳腺癌相关表达谱分析的方法学参考。由于主题标签为高通量测序表达谱分析,其数据形式适合用于转录表达层面的比较研究。具体可支持的统计比较或验证范围,源站未提供。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE219191_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入分析流程。源站未提供额外的预处理步骤、标准化方法或分析脚本说明。
【质量与限制】
数据集仅有 1 个文件,源站未提供样本量、重复数、质控指标或缺失值情况等质量信息。由于缺乏这些细节,使用者难以在未检查文件内容的情况下评估数据完整性与适用范围。此外,发布时间写作 Dec 01 202,年份信息不完整,源站未提供更明确的日期说明。
【引用与许可】
作者为 Xiao,Lu,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站未提供许可条款、使用限制或具体引用格式,使用时应遵循 NCBI GEO 的通用要求并核对源站页面信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE219191
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为表征m6A修饰在介导BRD4依赖性生物学功能中的作用,我们建立了METTL3重建细胞并用JQ1处理。BRD4通过多种机制指导基因转录。在此,我们特别关注BETi依赖的转录组或由m6A介导调控所协调的转录组。为此,我们首先需要通过回补野生型METTL3或METTL3-CD突变体(METTL3的催化失活形式)在METTL3敲低细胞中进行挽救实验,以鉴定真正的m6A依赖性转录本。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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