AURORA US网络原发与转移性乳腺肿瘤多平台分析[RNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE209998

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

转移性乳腺癌（MBC）患者通常生存时间较短，其成功治疗是患者护理中最具挑战性的方面之一。这种不良预后行为部分归因于分子特征，包括肿瘤细胞克隆异质性增加、多种耐药机制以及肿瘤微环境的改变。AURORA US转移项目的建立旨在识别与转移特异性相关的分子特征。因此，我们收集了55例转移性乳腺癌（BC）患者的标本并进行了分子表征，这些标本代表51个原发癌和102个转移灶。153个独特肿瘤通过RNAseq、肿瘤/胚系DNA外显子组和低深度全基因组测序以及全局DNA甲基化微阵列进行了检测。我们发现，在三阴性乳腺癌（TNBC）/基底样亚型肿瘤中，原发肿瘤与其匹配转移灶之间的内在分子亚型差异较为罕见。相反，肿瘤亚型变化在雌激素受体阳性（ER+）癌症中相对频繁，约30%的Luminal A病例转变为Luminal B或HER2富集（HER2E）亚型。

克隆演化研究发现了表达亚型与DNA克隆性转变同步发生的变化，尤其涉及HER2扩增和/或HER2E表达亚型。相比之下，我们发现在原发肿瘤-转移灶配对中，癌症相关DNA高甲基化谱具有显著的保守性。我们进一步发现了ER介导的转移灶中细胞-细胞黏附相关基因下调的证据。微环境差异因肿瘤亚型而异，其中ER+/Luminal型转移灶的成纤维细胞和内皮细胞含量较低，而TNBC/Basal-like型转移灶则显示B细胞和T细胞显著减少。在17%的转移性肿瘤中，我们鉴定出HLA-A附近与显著……相关的DNA高甲基化和/或局灶性DNA缺失

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。