ts-ARFGEF1敲低诱导MCF-7细胞基因表达谱改变数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE196514

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

高通量转录组测序(RNA-seq)数据分析经常观察到许多“非共线性”(NCL)转录本，这些转录本可能源于基因重排(基因融合)，表明融合事件和circRNA在癌变中的重要性；然而，ts-RNA的作用在很大程度上仍未得到研究。在此，我们开发了一种混合测序流程(“NCLscan-hybrid”)，该流程整合了不同类型的短读长(Illumina平台)和超长读长(PacBio平台)RNA-seq数据，以消除实验伪影、融合事件和circRNA可能带来的假阳性。我们应用NCLscan-hybrid研究人类乳腺癌中的ts-RNA，乳腺癌是全球女性中诊断出的最具恶性的肿瘤。通过多个实验验证步骤，我们确认基因内ts-RNA，ts-ARFGEF1，在乳腺癌细胞中高表达，但在正常乳腺细胞中缺失。此外，我们通过实验验证了ts-ARGEF1可促进细胞增殖和凋亡。裸鼠异种移植分析显示，破坏ts-ARFGEF1表达可显著减弱肿瘤生长。

微阵列分析显示，敲低ts-ARFGEF1可触发PERK/ATF4/CHOP信号通路，暗示ts-ARFGEF1在内质网稳态中的作用。综上所述，我们的发现深入揭示了基因内NCL事件的真正复杂性，并首次进一步展示了基因内ts-RNA在肿瘤细胞发展中的潜在作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。