AURORA US网络原发与转移性乳腺肿瘤多平台分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE193103

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本数据集旨在比较原发肿瘤与转移瘤之间的基因表达模式。转移性癌症患者通常生存期较短，其成功治疗是患者护理中最具挑战性的方面之一。这种不良预后行为可能由多种因素导致，包括克隆异质性增加、多重耐药机制以及肿瘤微环境的作用。AURORA US转移项目旨在收集55名乳腺癌（BC）患者的标本并进行分子特征分析，这些标本代表51个原发癌和102个转移灶。这153个独特的肿瘤通过RNAseq、肿瘤/种系DNA外显子和低通量全基因组测序以及全局DNA甲基化微阵列进行了检测。我们发现，在三阴性乳腺癌（TNBC）/基底样亚型肿瘤中，原发肿瘤与其匹配转移灶之间的内在分子亚型差异较为罕见。相反，肿瘤亚型变化在雌激素受体阳性（ER+）癌症中相对频繁，其中约30%的Luminal A病例转变为Luminal B或HER2富集（HER2E）亚型。

克隆进化研究发现了表达亚型与DNA克隆性转变同步发生的变化，尤其涉及HER2扩增和/或HER2E表达亚型。微环境差异因肿瘤亚型而异，其中ER+/Luminal转移灶的成纤维细胞和内皮细胞含量较低，而TNBC/基底样转移灶则显示出适应性免疫的显著下降。在17%的转移性肿瘤中，我们发现了HLA-A附近的DNA甲基化和/或局灶性DNA缺失，这些变化与其表达显著降低及免疫细胞浸润减少相关。我们还发现，与其他转移部位相比，即使在同一患者体内，脑和肝转移灶的免疫细胞特征也较低。这些发现对转移性乳腺癌患者的治疗具有直接影响，

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。