GSE18571：雷帕霉素处理MDA-MB-468乳腺癌细胞系及MDA-MB-468异种移植瘤

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE18571

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数据说明

哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mTOR）是一种丝氨酸/苏氨酸激酶，参与多种促进肿瘤生长的细胞内信号通路。mTOR在相当一部分乳腺癌中异常激活，是一个有前景的治疗靶点。雷帕霉素及其类似物正在进行乳腺癌治疗的临床试验。基因表达模式（元基因）也可用于模拟药物治疗效果的生物学过程。在本研究中，我们检验了以下假说：由雷帕霉素调控的基因表达特征可预测乳腺癌患者的疾病结局。结果：集落形成实验、磺基罗丹明B（IC50 < 1nM）实验以及异种移植动物实验显示，MDA-MB-468细胞对雷帕霉素治疗敏感。通过比较体外和体内基因表达数据，我们鉴定出一个特征，称为雷帕霉素元基因指数（RMI），包含31个在体外和体内均被雷帕霉素治疗上调的基因（错误发现率为10%）。在Miller数据集中，RMI与肿瘤大小或淋巴结状态显著相关。高（>75百分位数）RMI与更长的生存期显著相关（P = 0.015）。

多因素分析显示，RMI（P = 0.029）、肿瘤大小（P = 0.015）和淋巴结状态（P = 0.01）具有预后意义。在van 't Veer研究中，RMI与发生远处转移的时间无关（P = 0.41）。在Wang数据集中，RMI可预测疾病复发时间（P = 0.09）。结论：雷帕霉素调控的基因表达特征可预测乳腺癌的临床结局。这支持mTOR信号在乳腺癌生物学中的核心作用，并进一步推动针对mTOR的靶向治疗用于乳腺癌治疗。Mol Cancer. 2009年9月24日;8(1):75。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。