GSE18370：21T系列细胞系显示独特的阶段特异性基因表达改变

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数据说明

病理学和流行病学证据促成了一个乳腺癌进展的组织学模型，该模型涉及通过特定形态学阶段的推进，包括非典型导管增生（ADH）、导管原位癌（DCIS）和浸润性乳腺 carcinoma（IMC），尽管并不一定总是以线性方式发展。众多观察性研究已经检查了代表这些不同进展阶段的乳腺组织中的遗传、表观遗传和基因表达差异，但能够用于实验测试影响这些阶段过渡的特定因素的模型系统却十分稀缺。21T系列细胞系，最初均源自同一名转移性乳腺癌患者，已被提议作为乳腺肿瘤进展系列的模型。我们在此报告，当在裸鼠的乳腺脂肪垫中生长时，21T细胞系中的三个确实模拟了人类乳腺癌进展的特定阶段（21PT衍生细胞，ADH；21NT衍生细胞，DCIS；21MT-1细胞，IMC），尽管是在注射后长达一年之后。

为了开发一种更快速、易于操作的体外检测方法，以研究这些细胞系之间的生物学差异，我们采用了三维Matrigel系统。在三维Matrigel中培养时，我们发现这三种细胞系具有特征性的形态学表现，其中阶段特异性体内行为的可量化方面（即腺泡结构形成、细胞极化、细胞黏附性、细胞增殖、细胞侵袭等方面的差异）以可重复的方式得以重现。基因表达谱分析揭示了这三种细胞系各自具有特征性的表达模式。有趣的是，WNT通路改变在从21PTci（ADH）向21NTci（DCIS）的早期转变中尤为突出，而与细胞运动性和侵袭性现象调控相关的基因表达改变则在21NTci（DCIS）向21MT-1（IMC）的后期转变中更为显著。Th

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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