GSE17705:内分泌敏感性指数验证数据集

GSE17705 是一个用于验证内分泌敏感性指数的表达谱数据集,来源于 ncbi.nlm.nih.gov,属于肿瘤/乳腺癌分类

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时间序列分类Expression profiling by arrayGPL969606
GSE17705: Endocrine Sensitivity Index Validation Dataset

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

GSE17705:内分泌敏感性指数验证数据集

GSE17705(Endocrine Sensitivity Index Validation Dataset)是一个面向乳腺癌内分泌治疗研究的基因表达谱数据集,来源于 ncbi.nlm.nih.gov,在本站归入肿瘤/乳腺癌分类。该数据集的核心用途是验证内分泌敏感性指数,其样本来自接受他莫昔芬治疗五年的雌激素受体阳性患者,共纳入 298 例。数据集以表达谱芯片数据形式组织,主题标签涉及 Expression profiling by array、GPL96 与 9606,作者为 W. F. Symmans,发布时间为 Aug 18 200。数据集仅包含 1 个文件,即 GSE17705_series_matrix.txt.gz,以 GZIP 压缩包形式提供,适合在本地读取后用于表达谱层面的分析与验证工作。

【数据集背景】

该数据集在源站的标题为 Endocrine Sensitivity Index Validation Dataset,从名称即可看出其定位是对内分泌敏感性指数进行验证。乳腺癌是高度依赖内分泌信号通路的肿瘤类型之一,雌激素受体状态与内分泌治疗反应密切相关。该数据集聚焦于雌激素受体阳性且接受他莫昔芬治疗五年的人群,为在内分泌治疗背景下考察表达谱特征与敏感性指标之间的关系提供了样本基础。在本站分类中,该数据集被归入肿瘤/乳腺癌方向,与其研究主题一致。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE17705_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式的表达谱系列矩阵文件。源站描述指出,该数据集为 298 例雌激素受体阳性、接受他莫昔芬治疗五年的患者的验证数据集。主题标签包括 Expression profiling by array、GPL96 与 9606,表明数据以芯片表达谱形式产生,涉及平台 GPL96 与物种编号 9606。除上述信息外,矩阵文件内部的具体字段构成、探针数量、基因注释细节等,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 W. F. Symmans,发布时间为 Aug 18 200。样本的临床背景为雌激素受体阳性并接受他莫昔芬治疗五年,样本规模为 298 例。关于样本采集地点、采集时间跨度、伦理审批信息以及具体的实验操作流程,源站未提供。

【适用场景】

该数据集的主要适用场景是内分泌敏感性指数的验证研究,即在独立的表达谱样本集合上评估相关指标的表現。由于样本均来自雌激素受体阳性且接受他莫昔芬治疗五年的人群,也适合用于围绕乳腺癌内分泌治疗反应开展的表达谱分析。此外,作为芯片表达谱数据,可用于方法学层面的读取、预处理与统计流程验证。除上述方向外,其他具体应用场景源站未提供。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE17705_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因格式或编码问题导致整体处理出错。关于配套的分析流程、标准化方法或推荐参数,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为验证用途的数据集,样本量为 298 例,样本背景限定为雌激素受体阳性且接受他莫昔芬治疗五年的人群,这一限定使其结论外推到其他治疗背景或受体状态人群时需谨慎。数据集仅含 1 个文件,缺少其他辅助文件的说明。关于数据缺失情况、批次效应、质控指标等质量细节,源站未提供。

【引用与许可】

作者为 W. F. Symmans,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,发布时间为 Aug 18 200。关于该数据集的具体引用格式、许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE17705

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

验证数据集包含298例接受他莫昔芬治疗5年的ER阳性患者。该数据集中的所有患者均患有ER+乳腺癌,并统一接受了他莫昔芬治疗5年。本研究旨在分析该组接受统一治疗的患者中基因组标志物水平与预后(无复发生存期)之间的相关性。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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