多柔比星耐药乳腺癌细胞整合染色质可及性与转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE174152

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数据说明

多柔比星被认为是治疗乳腺癌最有效的化疗药物。然而，对该药物的耐药性十分常见，导致患者预后和生存率不佳。动态重组的染色质使得基因调控机制能够快速接近开放的基因组区域，通过转录因子（TF）的直接激活和调控元件结合，促进后续的基因表达。为更好地理解乳腺癌细胞多柔比星耐药性背后的调控网络，我们采用转座酶可及性染色质测序技术（ATAC-seq）结合RNA测序，探索了染色质可及性和基因表达的系统性改变，随后进行整合分析，以识别多柔比星耐药MCF7（MCF7-DR）细胞中与差异可及区域（DARs）相关的潜在调控因子及其靶标。

共鉴定出3963个与多柔比星耐药相关的差异表达基因（DEGs），其中包括显著上调的MT1E、GSTP1、LDHB，显著下调的TFF1、UBB、DSCAM-AS1，以及组蛋白修饰酶编码基因HDAC2、EZH2、PRMT5等。通过与转录组数据集整合，我们在MCF7-DR细胞中鉴定出18228个DARs（与对照相比），这些DARs与其最近的DEGs呈正相关（r = 0.6）。共有11686个染色质可及性增加的区域，这些区域富集于与多种KEGG通路相关的上调基因中，如细胞周期、肌动蛋白细胞骨架调控、MAPK、PI3K/Akt和Hippo信号通路，这些通路在调控细胞凋亡、增殖、代谢和炎症反应中发挥重要作用。6542个染色质可及性降低的区域被认为与多柔比星相关生物学过程的下降有关，例如内分泌和胰岛素抵抗、中心碳代谢、TGF-beta和P53信号通路。对……的分析

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。