男性乳腺癌MicroRNA表达谱数据集

研究通过比较男性乳腺癌、男性乳房发育症和女性乳腺癌样本,检验是否存在表征男性乳腺癌的特异性miRNA表达特征。数据可用于非编码RNA表达谱分析,支持肿瘤分类与差异表达研究(来源 NCBI)

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基因组分类Non-coding RNA profiling by arrayGPL88719606
GSE17155: MicroRNA expression profiling of male breast cancer

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-08

资源简介

男性乳腺癌MicroRNA表达谱数据集

GSE17155 是一个围绕男性乳腺癌微小RNA(miRNA)表达谱展开的公共数据集,源站标题为“MicroRNA expression profiling of male breast cancer”,归属于肿瘤 / 乳腺癌分类,来自 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集的核心目的,是检验是否存在能够表征男性乳腺癌的特异性miRNA表达特征。为此,研究对一系列男性乳腺癌样本进行了miRNA微阵列分析,并将结果与男性乳房发育症病例及女性乳腺癌病例进行比较。数据集包含1个文件,样例文件为 GSE17155_series_matrix.txt.gz,主题标签涉及“Non-coding RNA profiling by array”、GPL8871 与 9606,作者为 Matteo、Fassan,发布时间为 Jul 16 200。整体而言,该数据集面向非编码RNA表达谱研究,可用于肿瘤分类与差异表达分析等方向。

【数据集背景】

男性乳腺癌相对女性乳腺癌较为少见,其分子特征是否具有独特性,是研究者关注的问题之一。GSE17155 的源站描述明确指出,该研究旨在检验“是否存在表征男性乳腺癌的特异性miRNA表达特征”这一假设。为回答该问题,研究者在男性乳腺癌样本中开展miRNA微阵列分析,并引入男性乳房发育症与女性乳腺癌作为对照比较对象。这一设计使得数据集不仅包含男性乳腺癌的表达信息,也提供了与良性男性乳腺组织及女性乳腺癌进行对照的语境,从而支持围绕性别差异与肿瘤特异性表达模式的探索。数据集所属分类为肿瘤 / 乳腺癌,主题标签中的“Non-coding RNA profiling by array”进一步表明其技术路线属于基于微阵列的非编码RNA表达谱分析。

【数据内容】

该数据集的文件数量为1,样例文件名为 GSE17155_series_matrix.txt.gz,属于GZIP压缩格式的系列矩阵文件。此类文件通常承载样本层面的表达谱矩阵信息,但就本数据集而言,源站未提供更细的字段结构、样本数量、探针数量或具体表达值说明。主题标签中列出了 GPL8871 与 9606,分别对应微阵列平台标识与物种标识;源站未提供平台的具体名称、探针设计细节以及样本分组的具体数量。作者信息为 Matteo、Fassan,发布时间记录为 Jul 16 200。整体数据内容围绕男性乳腺癌、男性乳房发育症与女性乳腺癌样本的miRNA表达谱比较展开,源站未提供更详细的临床注释或分组统计信息。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI 站点,源站标题与数据集英文名一致,均为“MicroRNA expression profiling of male breast cancer”。源站描述说明,研究通过miRNA微阵列分析对一系列男性乳腺癌样本进行检测,并与男性乳房发育症病例和女性乳腺癌病例进行比较。除上述信息外,源站未提供样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、样本纳入排除标准以及实验操作的详细流程。数据以 GSE17155_series_matrix.txt.gz 这一压缩文件形式提供,文件数量为1,源站未提供其他配套文件或原始数据文件的说明。

【适用场景】

根据源站描述与主题标签,该数据集适用于非编码RNA表达谱分析,尤其是围绕miRNA微阵列数据的差异表达研究与肿瘤分类研究。其研究设计支持对男性乳腺癌、男性乳房发育症与女性乳腺癌之间的miRNA表达特征进行比较,因而可用于探索男性乳腺癌是否存在特异性miRNA表达签名。此外,该数据也可作为非编码RNA表达谱分析方法的教学或方法学验证素材,用于练习表达矩阵的读取、样本分组比较与差异表达分析流程。需要说明的是,源站未提供该数据集在具体疾病分型、预后判断或生物标志物验证方面的结论,相关应用应视为基于数据本身的分析方向,而非源站已给出的结果。

【使用方法】

使用该数据集时,可先下载数据文件 GSE17155_series_matrix.txt.gz。该文件为GZIP压缩包,读取前需按GZIP格式进行解压或直接以支持GZIP的读取方式打开。建议先在小样本上核对字段与编码,确认样本标识、分组信息与表达值格式无误后,再批量接入完整数据。由于源站未提供字段字典与样本注释的详细说明,使用过程中应结合文件内的实际内容进行核对,避免对字段含义作出未经证实的假设。对于微阵列表达谱数据,通常需要关注平台标识 GPL8871 与物种标识 9606 所对应的注释信息,但源站未提供平台注释文件的具体内容,相关注释需另行依据平台标识进行确认。

【质量与限制】

该数据集的文件数量为1,样例文件为系列矩阵文件,源站未提供原始芯片图像、质控报告、归一化方法说明或批次信息,因此无法依据现有信息对数据质量作出具体评价。源站描述仅说明研究进行了miRNA微阵列分析并比较了男性乳腺癌、男性乳房发育症与女性乳腺癌样本,未提供样本量、统计方法、显著性阈值或验证实验结果。发布时间记录为 Jul 16 200,源站未提供版本更新说明。使用者在解释分析结果时,应注意该数据集的研究设计聚焦于表达谱比较,源站未提供临床结局或预后相关信息,不宜将分析结论外推至源站未涉及的用途。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Matteo、Fassan,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“MicroRNA expression profiling of male breast cancer”。源站未提供具体的引用格式、期刊出处、DOI、许可协议或使用条款。使用者在引用或再利用该数据集时,应以 NCBI 源站页面所载信息为准,并遵循源站的相关使用规定;源站未提供的许可细节,本处不作推测。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE17155

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了验证存在特定miRNA表达特征以表征男性乳腺癌的假设,我们对一系列男性乳腺癌进行了miRNA微阵列分析,并将其与男性乳腺发育症和女性乳腺癌病例进行了比较。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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