对照或shEphB6敲低D2.0R-EGFP细胞单培养或与AT1样细胞共培养的基因表达谱
该数据集来自NCBI GEO，收录对照或shEphB6敲低的D2.0R-EGFP细胞在单培养或与AT1样细胞共培养条件下的基因表达谱，采用高通量测序进行表达谱分析，物种为小鼠（10090），平台为GPL21103，共1个文件
基本信息
资源简介
对照或shEphB6敲低D2.0R-EGFP细胞单培养或与AT1样细胞共培养的基因表达谱
GSE162439 数据集来自 NCBI GEO，主题为对照或 shEphB6 敲低的 D2.0R-EGFP 细胞在单培养或与 AT1 样细胞共培养条件下的基因表达谱。该数据集属于肿瘤/乳腺癌分类，采用高通量测序进行表达谱分析，物种为小鼠，平台为 GPL21103，共包含 1 个数据文件，文件样例为 GSE162439_series_matrix.txt.gz。数据集作者为 Marco、Montagner，发布时间为 Dec 01 202。整体来看，该数据集围绕播散性休眠乳腺癌细胞与 AT1 样细胞之间的相互作用及其对 EphB6 表达依赖性的转录组影响展开，适合用于相关基因表达谱的查阅与二次分析。
【数据集背景】
该数据集关注的是播散性休眠乳腺癌细胞在微环境信号作用下的转录组变化。源站描述指出，研究考察了与 AT1 样细胞的相互作用如何影响播散性休眠乳腺癌细胞的转录组，以及癌细胞中 EphB6 表达对这一遗传程序的要求。基于这一背景，数据集通过对比对照细胞与 shEphB6 敲低细胞在单培养或与 AT1 样细胞共培养条件下的基因表达谱，为理解肿瘤细胞与微环境细胞之间的信号交流及 EphB6 在其中的作用提供了表达层面的数据基础。
【数据内容】
数据集收录的是对照或 shEphB6 敲低的 D2.0R-EGFP 细胞在单培养或与 AT1 样细胞共培养条件下的基因表达谱。数据采用高通量测序进行表达谱分析，物种为小鼠（10090），平台为 GPL21103。数据集共包含 1 个文件，文件样例为 GSE162439_series_matrix.txt.gz，属于 GZIP 压缩格式。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL21103 和 10090，分别对应表达谱分析技术、测序平台和小鼠物种信息。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI GEO，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站标题与数据集英文名一致，均为“Gene expression profile of control or shEphB6-depleted D2.0R-EGFP cells in monoculture or cocultured with AT1-like cells”。数据集作者为 Marco、Montagner，发布时间为 Dec 01 202。本站将其归类为肿瘤/乳腺癌。除上述来源信息外，样本采集的具体流程、实验条件细节及测序步骤等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤/乳腺癌相关研究中的基因表达谱查阅与分析，尤其是涉及播散性休眠乳腺癌细胞与 AT1 样细胞相互作用、EphB6 表达依赖性转录组程序的研究方向。由于数据涵盖对照与 shEphB6 敲低细胞在单培养和共培养条件下的表达谱，可用于比较不同培养条件及 EphB6 敲低对基因表达的影响。数据采用高通量测序表达谱分析，适合作为转录组层面的参考数据，用于相关基因表达变化的验证性查阅或探索性分析。具体研究设计与统计比较方案，源站未提供。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE162439_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入分析流程。由于数据集仅包含 1 个文件，读取时应关注文件内的样本信息与表达数据组织方式，确保样本分组与培养条件、基因型信息对应正确。关于数据的具体字段含义、预处理步骤及分析参数，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集共包含 1 个文件，文件数量较少，使用前应核对文件完整性与可读性。数据集物种为小鼠，平台为 GPL21103，分析时需注意物种与平台匹配问题。源站未提供样本量、测序深度、数据质控指标及批次信息等质量相关细节，因此无法对数据质量作出进一步判断。此外，数据仅覆盖对照与 shEphB6 敲低细胞在单培养或与 AT1 样细胞共培养条件下的表达谱，结论外推需谨慎。其他限制信息源站未提供。
【引用与许可】
数据集作者为 Marco、Montagner，来源站为 NCBI GEO（ncbi.nlm.nih.gov），发布时间为 Dec 01 202。使用时应遵循 NCBI GEO 的相关使用条款，并引用该数据集及其作者信息。关于具体的许可协议与引用格式，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE162439
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们研究了与AT1样细胞的交互作用如何影响播散性休眠乳腺癌细胞的转录组，以及癌细胞中EphB6表达对该基因程序的需求。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
