NR4A1通过R-loop依赖性抑制即刻早期基因转录延伸以抑制癌症复制压力 [ChIP-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE161852

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

致癌性增殖信号的失调会触发癌细胞的复制应激，而癌细胞必须适应这种应激。即刻早期基因（IEGs）因其在应激诱导下快速短暂的表达爆发而被识别，是整合下游信号通路的关键。在研究患者来源的乳腺癌细胞的肿瘤起始过程时，我们观察到IEGs的基因体和3‘-UTR处获得了开放染色质结构域，且这一现象在全基因组中具有独特性。通过体内和体外建模，我们证明IEG和孤儿核受体NR4A1定位于多个IEG基因体上，在那里与RNA Pol II结合，阻滞转录延伸并产生广泛的R环和可及染色质。急性应激会迅速将NR4A1从IEG基因体上移除，触发其预置转录本的即时释放。在乳腺癌细胞中，NR4A1过表达会增加肿瘤发生；相反，其缺失会导致由IEG靶基因FOS失调驱动的未补偿性复制应激、染色体不稳定和有丝分裂灾难。

大部分原发性乳腺癌及其他癌症在即刻早期基因（IEGs）的基因体处呈现开放的染色质状态，这与NR4A1功能得以保留相一致。因此，NR4A1介导了一种新颖的转录延伸检查点，该检查点对应激诱导基因具有特异性，并且是这些基因快速爆发性表达所必需的。那些在适应慢性复制应激过程中保留了这一机制的癌症，其增殖可能依赖于NR4A1。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。