内分泌抵抗中AIB1依赖的转录组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE158095

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：AIB1表达与接受芳香化酶抑制剂（AI）治疗的乳腺癌患者的疾病进展相关。为鉴定在AI耐药中受AIB1异常调控的基因，在雌激素剥夺条件下对内分泌耐药LetR细胞和内分泌敏感MCF7细胞（±AIB1）进行了RNA-seq。方法：在MCF7和LetR细胞中，以生物学三重复进行RNA-seq，比较NT（Scramble siRNA）细胞与使用SMARTpool ON-TARGETplus siRNA敲低AIB1的细胞。使用Qiagen RNeasy试剂盒提取RNA，并采用BGISEQ 500平台进行100bp PE测序。简言之，使用Bowtie2将clean reads比对至参考基因组，并使用RSEM计算基因表达。使用DEseq2检测差异表达基因（DEGs）。通过KEGG通路分析，使用R的函数phyper进行通路功能富集分析。

结果：共鉴定出61个AIB1差异调控基因，这些基因是内分泌耐药肿瘤细胞所特有的（logfc≥1.5；Padj≤0.05）。对这61个AIB1调控基因进行MSigDB致癌特征分析，发现其富集于促进生长的内分泌耐药通路，包括LTE2、RAF、ERBB2和MEK。结论：在内分泌耐药背景下，AIB1的异常表达调控与生长因子信号传导相关的基因表达。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。