GSE157323：抑制DDX3X触发肿瘤内在I型干扰素反应并增强抗肿瘤免疫

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE157323

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

越来越多的证据表明，细胞双链RNA（dsRNA）在人正常细胞和恶性肿瘤细胞中均可诱导抗病毒先天免疫应答。然而，细胞内源性“自身”dsRNA稳态如何被调控，目前尚未完全阐明。在此，我们发现一种RNA结合蛋白——DEAD-box RNA解旋酶3X（DDX3X）能够防止细胞dsRNA的异常积累。DDX3X缺失会因dsRNA在细胞质中的异常积累，诱导乳腺癌细胞中dsRNA传感器介导的I型干扰素信号传导及先天免疫应答。同时敲低DDX3X与dsRNA编辑蛋白ADAR1，可在乳腺癌细胞中协同激活胞质dsRNA通路。此外，抑制DDX3X可通过增强肿瘤内在型I型干扰素应答、抗原呈递以及细胞毒性T细胞和树突状细胞在乳腺肿瘤中的浸润，从而提高抗肿瘤活性，这可能为开发靶向DDX3X联合免疫检查点阻断的乳腺癌治疗策略提供依据。

为评估DDX3X对乳腺癌基因表达的影响，我们利用短发夹RNA（shRNA）介导的敲低技术在乳腺癌MCF7细胞中稳定耗竭DDX3X，并采用下一代RNA深度测序进行了全基因组转录组分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。