MDA-MB-231细胞Aurora-A激酶亚细胞定位可变的高通量测序数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE154494

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：本研究的目的是确定表达核Aurora-A激酶的细胞的特异性基因表达谱。此前已有研究表明，AURKA在包括乳腺癌在内的多种侵袭性恶性肿瘤患者活检组织中定位于细胞核，但该定位在癌症进展中的功能意义仍未确定。为明确核AURKA在转移播散及远处器官定植中的作用，我们构建了三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系，采用CRISPR/Cas9技术敲除内源性AURKA，并分别以外源性AURKA特异性回补至细胞核、细胞质或两者。与对照组相比，表达核AURKA的TNBC细胞在多种器官中的播散和定植显著增加。对表达核AURKA的细胞系进行RNA测序分析显示，与缺氧、迁移/侵袭及生存/死亡通路相关的基因表达谱发生显著变化，支持了体内观察到的转移表型。

方法：使用Quagen RNeasy试剂盒提取总RNA，使用KAPA mRNA Hyper Prep Kit及TruSeq接头构建文库。对表达WT-AURKA、NES-AURKA、NLS-AURKA及Empty（包括无定位标签Empty、NLS-empty、NES-empty）载体对照的MDA-MB-231细胞，每种细胞系取2个生物学克隆、每个克隆设3个重复，采用Illumina HiSeq2500高通量模式2×50双端测序进行深度测序，生成RNA表达谱。通过质量过滤的序列reads使用Hisat2分析，随后使用Samtools处理。使用Partek Genomic Suite鉴定对照样本与WT、NES、NLS-AURKA样本之间表达发生变化的基因，并使用Ingenuity Pathway Analysis对与该基因集相关的功能进行映射。使用TaqMan和SYBR Green assay进行qRT–PCR验证。结果：使用优化的数据分析流程，我们鉴定出33，563

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。