乳腺上皮细胞系中组织选择性雌激素化合物的表观遗传与表达谱分析

该数据集为GSE102472,来源于NCBI,属于肿瘤/乳腺癌分类,聚焦乳腺上皮细胞系中组织选择性雌激素化合物的表观遗传与表达谱分析

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基因组GPL184609606
GSE102472: Epigenetic and Expression Profiling of Tissue Selective Estrogen Compounds in Breast Epithelial Cell Lines

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-27

资源简介

乳腺上皮细胞系中组织选择性雌激素化合物的表观遗传与表达谱分析

GSE102472 是一个来源于 NCBI 的肿瘤/乳腺癌分类数据集,英文全称为 Epigenetic and Expression Profiling of Tissue Selective Estrogen Compounds in Breast Epithelial Cell Lines,中文可译为“乳腺上皮细胞系中组织选择性雌激素化合物的表观遗传与表达谱分析”。该数据集围绕乳腺上皮细胞系,对组织选择性雌激素化合物相关的表观遗传特征与基因表达谱进行刻画,属于高通量测序表达谱分析范畴。数据集以 SuperSeries 形式组织,由若干 SubSeries 构成,当前可获取的数据文件为一个 GZIP 压缩的系列矩阵文件。整体而言,该数据集面向乳腺癌相关的基础研究场景,适合关注雌激素化合物作用机制、表观遗传调控与转录表达变化的研究者参考使用。

【数据集背景】

该数据集聚焦于乳腺上皮细胞系中组织选择性雌激素化合物的表观遗传与表达谱分析。组织选择性雌激素化合物是一类在不同组织中表现出差异化效应的雌激素相关化合物,其在乳腺上皮细胞中的分子响应涉及表观遗传层面与基因表达层面的变化。数据集通过高通量测序手段对上述响应进行表达谱层面的刻画,为理解此类化合物在乳腺上皮细胞中的作用特征提供数据基础。数据集归属于肿瘤/乳腺癌分类,与乳腺肿瘤相关研究背景密切相关。

【数据内容】

数据集以 SuperSeries 形式发布,源站描述指出该 SuperSeries 由下列 SubSeries 组成。当前可获取的数据文件数量为 1,文件样例为 GSE102472_series_matrix.txt.gz,即一个 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。主题标签涵盖 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL18460 与 9606,分别对应高通量测序表达谱分析、平台编号以及人类物种编号。数据内容围绕乳腺上皮细胞系在组织选择性雌激素化合物处理背景下的表达谱信息展开,并涉及表观遗传层面的分析主题。

【采集与来源】

数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 Jonathan,AR,Gordon,发布时间为 Aug 09 201。数据通过高通量测序平台产生,主题标签中给出的平台编号为 GPL18460,物种为 9606(人类)。源站以 SuperSeries 形式组织数据,并说明其由若干 SubSeries 构成。除上述信息外,样本采集的具体流程、细胞系来源、处理条件与实验设计细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于乳腺上皮细胞系中组织选择性雌激素化合物相关的研究场景,包括对表观遗传变化与基因表达谱变化的探索性分析。研究者可将其用于表达谱层面的差异分析、通路层面的解读以及与表观遗传主题相关的整合分析。由于数据集归属肿瘤/乳腺癌分类,也可作为乳腺癌相关基础研究的参考数据之一。具体分析目标应结合研究者自身问题与数据实际内容确定,源站未提供针对特定分析场景的说明。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE102472_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入后续分析流程。由于当前可获取文件为系列矩阵文件,读取时应关注其矩阵结构、样本标识与表达值编码方式,确保解析结果与后续分析工具兼容。源站未提供更详细的使用步骤或分析脚本。

【质量与限制】

数据集当前可获取的文件数量为 1,文件样例为系列矩阵文件,源站未提供关于数据质量评估、缺失值情况、批次效应或技术重复的具体说明。源站描述仅说明该 SuperSeries 由若干 SubSeries 组成,未提供各 SubSeries 的详细内容与样本量信息。发布时间记录为 Aug 09 201,年份信息不完整。使用者在分析前应自行核查数据完整性与适用性,源站未提供相关质量控制结论。

【引用与许可】

数据集作者为 Jonathan,AR,Gordon,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站未提供具体的引用格式、发表文献信息或数据使用许可条款,使用者在引用或再利用该数据集前应向源站查询相关要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE102472

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.

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