三阴性乳腺癌患者活检的GeoMx数字空间图谱
研究比较对新辅助化疗（NACT）反应相反的两组患者：达到病理完全缓解（pCR）的应答者与治疗期间出现疾病进展的无应答者，以解析差异空间转录组特征
基本信息
资源简介
三阴性乳腺癌患者活检的GeoMx数字空间图谱
GeoMx digital spatial profiling on biopsies of triple negative breast cancer patients 是一个面向肿瘤学与乳腺癌研究的空间转录组数据集。该数据集聚焦于三阴性乳腺癌（TNBC）患者在接受新辅助化疗（NACT）后呈现相反临床反应的两种极端情形：一组为达到病理完全缓解（pCR）的应答者，另一组为治疗期间出现疾病进展的无应答者。研究通过比较这两组患者的诊断性 TruCut 活检样本，旨在解析其差异空间转录组特征，从而为理解 TNBC 对 NACT 反应差异的分子机制提供空间层面的数据支持。数据集采用 GeoMx Cancer Transcriptome Atlas（Nanostring）平台进行分析，主题标签为 Transcriptomics，本站分类归入肿瘤 / 乳腺癌，来源站为 omicsdi.org。
【数据集背景】
三阴性乳腺癌（TNBC）是一类缺乏雌激素受体、孕激素受体及人表皮生长因子受体2表达的乳腺癌亚型，其治疗策略中，新辅助化疗（NACT）占据重要地位。然而，不同患者对 NACT 的反应存在显著差异：部分患者可获得病理完全缓解（pCR），而另一些患者却在治疗期间出现疾病进展。这种反应异质性背后的空间转录组差异，是理解耐药机制与疗效预测的关键。该数据集正是围绕这一临床问题构建，通过对比反应相反的两组患者，尝试在空间维度上刻画 TNBC 对 NACT 反应差异的转录组特征。
【数据内容】
该数据集的核心内容为三阴性乳腺癌患者活检样本的空间转录组数据。研究对象包括两类：对新辅助化疗达到病理完全缓解（pCR）的应答者，以及在治疗期间出现疾病进展的无应答者。所分析样本为诊断性 TruCut 活检组织。数据通过 GeoMx Cancer Transcriptome Atlas（Nanostring）平台获取，属于空间转录组学范畴，主题标签为 Transcriptomics。数据集英文名称为 GeoMx digital spatial profiling on biopsies of triple negative breast cancer patients，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 omicsdi.org。样本采集自三阴性乳腺癌患者的诊断性 TruCut 活检。空间转录组分析采用 GeoMx Cancer Transcriptome Atlas（Nanostring）平台完成。研究设计为比较对新辅助化疗反应相反的两组患者，即达到 pCR 的应答者与治疗期间出现疾病进展的无应答者。关于样本量、采集时间、具体机构及地理来源等更详细的信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤学与乳腺癌研究领域，尤其是三阴性乳腺癌对新辅助化疗反应差异的空间转录组机制探索。潜在应用包括：比较 pCR 应答者与疾病进展无应答者之间的空间转录组差异；识别与 NACT 反应相关的空间表达特征；为 TNBC 疗效预测标志物或耐药机制研究提供数据基础。此外，由于数据基于 GeoMx Cancer Transcriptome Atlas 平台产生，也可用于空间转录组分析方法学的参考或验证。具体适用场景的边界与推荐用途，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过来源站 omicsdi.org 获取。关于数据的具体下载方式、文件格式、预处理流程、分析工具推荐、代码示例及使用协议等操作细节，源站未提供。使用者需依据来源站的实际说明进行访问与使用。
【质量与限制】
该数据集基于诊断性 TruCut 活检样本，采用 GeoMx Cancer Transcriptome Atlas（Nanostring）平台进行空间转录组分析，研究设计聚焦于对新辅助化疗反应相反的两组 TNBC 患者。关于样本量、数据覆盖度、测序深度、批次效应、缺失值情况、验证程度及潜在偏倚等质量相关指标，源站未提供。使用者在解释结果时需注意这些限制。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、文献出处、许可协议及使用条款等信息，源站未提供。使用者应参考来源站 omicsdi.org 上的具体说明进行引用与合规使用。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-13069
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在本研究中，我们分析了对新辅助化疗（NACT）反应截然相反的三阴性乳腺癌（TNBC）患者的空间转录组差异：我们将表现出病理完全缓解（pCR）的应答者与治疗期间疾病进展的无应答者进行了比较。使用GeoMx癌症转录组图谱（Nanostring）对诊断性TruCut活检组织进行了分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
