前列腺癌细胞系LNCaP与乳腺癌细胞系MCF-7中H3K4me2与DNase I超敏位点全基因组图谱
该数据集来自omicsdi.org，提供前列腺癌细胞系LNCaP与乳腺癌细胞系MCF-7中组蛋白修饰H3K4me2及DNase I超敏位点的全基因组高通量图谱
基本信息
资源简介
前列腺癌细胞系LNCaP与乳腺癌细胞系MCF-7中H3K4me2与DNase I超敏位点全基因组图谱
该数据集为前列腺癌细胞系LNCaP与乳腺癌细胞系MCF-7中组蛋白修饰H3K4me2及DNase I超敏位点的全基因组高通量图谱。数据集英文名称为Genome-wide maps of H3K4me2 and DNase I hypersensitivity sites in prostate cancer cell line LNCaP and breast cancer cell line MCF-7.，来源站为omicsdi.org，主题标签为Genomics，本站分类归入肿瘤 / 乳腺癌。整体来看，该数据集围绕激素处理与未处理条件下前列腺癌和乳腺癌细胞中染色质状态与转录因子结合的关系展开，提供组蛋白修饰标记核小体及DNase I超敏位点的高通量检测信息，可用于研究雄激素受体与雌激素受体结合在染色质可及性层面的差异，以及通过DNase I超敏变化识别转录因子顺式调控组。该数据集的核心价值在于将组蛋白修饰与染色质开放状态联合刻画，服务于肿瘤基因组学与激素依赖性肿瘤机制研究。
【数据集背景】
该数据集来自omicsdi.org，聚焦前列腺癌与乳腺癌两类激素相关肿瘤的细胞模型。源站描述指出，研究报道了前列腺癌和乳腺癌细胞中组蛋白修饰与DNase I超敏位点的高通量图谱分析。研究关注的核心问题包括：雄激素受体结合与核小体耗竭相关，而雌激素受体结合则不然；同时，DNase I超敏变化的定量测量被证明是识别转录因子顺式调控组的有效工具。数据集在有无激素处理的条件下，对前列腺癌和乳腺癌细胞中组蛋白修饰标记的核小体及DNase I超敏位点进行检测，主题标签为Genomics，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌。
【数据内容】
数据集英文名称明确其内容为前列腺癌细胞系LNCaP与乳腺癌细胞系MCF-7中H3K4me2和DNase I超敏位点的全基因组图谱。具体而言，数据涉及两类主要检测对象：一是组蛋白修饰H3K4me2，用于标记特定核小体状态；二是DNase I超敏位点，用于反映染色质开放区域。源站描述进一步说明，研究检测了有无激素处理条件下前列腺癌和乳腺癌细胞中的组蛋白修饰标记核小体与DNase I超敏位点。因此，数据内容围绕激素处理前后染色质状态的变化展开，覆盖LNCaP和MCF-7两种细胞系。除上述信息外，源站未提供更细粒度的数据文件类型、样本数量、测序深度或具体基因组坐标信息。
【采集与来源】
该数据集的来源站为omicsdi.org，主题标签为Genomics。源站描述表明，研究采用高通量分析方式，对前列腺癌和乳腺癌细胞中的组蛋白修饰与DNase I超敏位点进行全基因组水平检测。检测对象包括H3K4me2修饰和DNase I超敏位点，实验条件涵盖有激素处理与无激素处理两种情形。细胞模型为前列腺癌细胞系LNCaP和乳腺癌细胞系MCF-7。除上述来源与检测方式外，源站未提供具体的实验平台、试剂、测序仪器、数据处理流程或样本制备细节。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤基因组学与激素依赖性肿瘤相关研究，尤其是前列腺癌和乳腺癌中染色质状态与转录因子结合关系的分析。基于源站描述，该数据可用于探讨雄激素受体结合与核小体耗竭之间的关联，以及雌激素受体结合与染色质可及性之间的关系。同时，DNase I超敏变化的定量测量可作为识别转录因子顺式调控组的工具，因此该数据集适合用于转录因子结合位点推断、染色质开放区域鉴定、组蛋白修饰与染色质可及性联合分析等场景。本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，也提示其可用于乳腺癌相关机制研究。除上述方向外，源站未提供其他具体应用案例或分析结论。
【使用方法】
该数据集的使用应围绕H3K4me2与DNase I超敏位点的全基因组图谱展开，结合有激素处理与无激素处理条件进行比较分析。使用者可依据源站描述中的研究思路，关注雄激素受体结合与核小体耗竭的关联，以及雌激素受体结合与DNase I超敏变化的关系。由于数据集涵盖LNCaP和MCF-7两种细胞系，使用时可分别或联合分析前列腺癌与乳腺癌细胞中的染色质状态。对于DNase I超敏位点数据，可将其作为染色质开放程度的定量指标，用于识别转录因子顺式调控组。除上述基于源站描述的使用方向外，源站未提供具体的数据格式、下载方式、预处理步骤或软件工具建议。
【质量与限制】
该数据集来自omicsdi.org，主题标签为Genomics，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌。源站描述提供了研究的主要发现与检测对象，但未提供样本量、重复次数、测序深度、数据完整性、质控指标或验证实验等质量相关信息。因此，无法依据现有信息对该数据集的质量水平作出具体判断。限制方面，源站未提供数据覆盖范围、分辨率、批次效应、平台偏差或适用范围等详细说明。使用者应注意，该数据集仅涉及LNCaP和MCF-7两种细胞系，源站未说明其结论是否可推广至其他细胞模型或临床样本。除上述内容外，源站未提供其他质量与限制信息。
【引用与许可】
该数据集的来源站为omicsdi.org，主题标签为Genomics。源站未提供具体的引用格式、原始文献信息、作者列表、发表期刊、DOI、数据许可协议或使用条款。因此，关于引用与许可的具体要求，源站未提供。使用者在引用或使用该数据集前，应自行查阅来源站omicsdi.org上的相关说明，以确认引用方式与许可条件。除上述信息外，源站未提供其他引用与许可相关内容。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-33216
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们报告了前列腺癌和乳腺癌细胞中组蛋白修饰和DNase I超敏位点的高通量分析。我们发现，虽然AR结合与核小体耗竭相关，但ER结合则不然。我们展示了一种定量测量DNase I超敏变化的方法，是识别转录因子顺反子组的强大工具。我们检查了在有和没有激素处理的情况下，前列腺癌和乳腺癌细胞中组蛋白修饰标记的核小体和DNase I超敏性。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
