GW3965 应答基因在 4 种乳腺癌细胞系中的全基因组分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-34987

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

分析在MCF-7、T-47D、SK-BR-3和MDA-MB-231乳腺癌细胞系中对LXR激动剂GW3965响应的差异表达基因。先前已有报道指出，GW3965对这4种不同的乳腺癌细胞系具有抗增殖作用。在本研究中，我们进一步确定了LXR配体对乳腺癌细胞的影响，并探讨了其减少细胞增殖的作用机制。从培养的4种不同乳腺癌细胞系（MCF-7、T-47D、SK-BR-3、MDA-MB-231）中提取总RNA，这些细胞分别经乙醇（对照组）或GW3965（GW处理组，实验组）处理48小时。实验进行了三次重复。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。