他莫昔芬预防试验中浸润性乳腺癌事件的基因表达谱
该数据集来自他莫昔芬预防试验，收录浸润性乳腺癌事件的基因表达谱数据，聚焦雌激素受体阳性乳腺癌中他莫昔芬耐药机制。数据可用于分析ESR1 mRNA水平与他莫昔芬耐药的关系，验证低雌激素受体mRNA水平作为他莫昔芬耐药主要决定因素，并支持他莫昔芬耐药相关预测模型构建与生物标志物研究（来源 omicsdi
基本信息
资源简介
他莫昔芬预防试验中浸润性乳腺癌事件的基因表达谱
该数据集名为“Gene expression profiling of invasive breast cancer events from the tamoxifen prevention trial”，来源于omicsdi.org，归类于肿瘤/乳腺癌方向，主题标签为Transcriptomics。其核心内容围绕他莫昔芬预防试验中出现的浸润性乳腺癌事件，提供相应的基因表达谱数据。该数据聚焦于雌激素受体阳性乳腺癌中他莫昔芬耐药机制，可用于分析ESR1 mRNA水平与他莫昔芬耐药之间的关系，验证低雌激素受体mRNA水平作为他莫昔芬耐药主要决定因素，并支持他莫昔芬耐药相关预测模型构建与生物标志物研究。整体而言，该数据集为理解他莫昔芬在雌激素受体阳性乳腺癌中的耐药问题提供了转录组层面的数据基础。
【数据集背景】
该数据集来自他莫昔芬预防试验，关注的是在该试验中发生的浸润性乳腺癌事件。根据源站描述，在NSABP Breast Cancer Prevention Trial（BCPT）中，他莫昔芬降低了雌激素受体（ER）阳性肿瘤的发生率，但并未降低雌激素受体阴性乳腺癌的发生率。更重要的是，他莫昔芬仅预防了69%的雌激素受体阳性肿瘤。这意味着，即使在他莫昔芬干预下，仍有一部分雌激素受体阳性肿瘤发生，这些肿瘤为研究获得性他莫昔芬耐药提供了理想的临床模型。基于NSABP trial B14的数据，该研究曾显示辅助他莫昔芬的获益程度可通过编码ER-alpha的ESR1 mRNA水平进行线性预测。因此，研究者预先假设，与对照组相比，在他莫昔芬组中发生的ER阳性肿瘤，其ESR1 mRNA水平可能更低。该数据集正是围绕这一背景，通过基因表达谱分析来探索他莫昔芬耐药的主要决定因素。
【数据内容】
该数据集收录的是浸润性乳腺癌事件的基因表达谱数据，主题标签为Transcriptomics。其核心数据内容涉及基因表达层面的信息，尤其关注ESR1 mRNA水平。源站描述指出，该数据集用于验证低雌激素受体mRNA水平作为他莫昔芬耐药主要决定因素。因此，数据内容应包含与雌激素受体阳性乳腺癌相关的基因表达谱，并可能涵盖他莫昔芬组与对照组之间的比较信息。不过，关于样本量、具体基因数量、表达值范围、平台信息等细节，源站未提供。数据可用于分析ESR1 mRNA水平与他莫昔芬耐药的关系，并支持他莫昔芬耐药相关预测模型构建与生物标志物研究。
【采集与来源】
该数据集的来源站为omicsdi.org。其原始研究背景涉及NSABP Breast Cancer Prevention Trial（BCPT）和NSABP trial B14。BCPT是一项他莫昔芬预防试验，该数据集关注的是在该试验中发生的浸润性乳腺癌事件。源站描述提到，ER阳性肿瘤在他莫昔芬组中的出现，为研究获得性他莫昔芬耐药提供了临床模型。基于NSABP trial B14的数据，研究者提出了关于ESR1 mRNA水平的假设。因此，该数据集的采集与来源与上述临床试验密切相关。但关于具体的采集时间、采集地点、样本处理流程、测序平台或芯片平台等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤/乳腺癌领域的转录组学研究，尤其是与他莫昔芬耐药相关的分析。具体而言，可用于分析ESR1 mRNA水平与他莫昔芬耐药的关系，验证低雌激素受体mRNA水平作为他莫昔芬耐药主要决定因素。此外，该数据还可支持他莫昔芬耐药相关预测模型构建与生物标志物研究。对于研究雌激素受体阳性乳腺癌中他莫昔芬获得性耐药机制的科研人员，该数据集提供了基因表达谱层面的数据基础。同时，由于数据来自他莫昔芬预防试验中的浸润性乳腺癌事件，也可用于比较他莫昔芬组与对照组之间ER阳性肿瘤的基因表达差异。但关于具体的分析软件、统计方法或验证流程，源站未提供。
【使用方法】
该数据集的使用方法需结合其转录组数据属性。用户可基于基因表达谱数据，分析ESR1 mRNA水平，并与他莫昔芬耐药表型进行关联研究。根据源站描述，该数据可用于验证低雌激素受体mRNA水平作为他莫昔芬耐药主要决定因素，因此使用者可围绕ESR1 mRNA水平进行假设检验或预测模型构建。此外，该数据支持他莫昔芬耐药相关生物标志物研究，用户可据此探索其他潜在标志物。但关于数据下载方式、文件格式、预处理步骤、归一化方法、分析工具等具体操作信息，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于他莫昔芬预防试验中的浸润性乳腺癌事件，具有明确的临床背景。源站描述指出，他莫昔芬仅预防了69%的雌激素受体阳性肿瘤，这为研究获得性耐药提供了理想模型。然而，关于数据质量的具体指标，如样本量、测序深度、重复性、缺失值比例等，源站未提供。此外，该数据集仅涵盖转录组层面的基因表达谱，主题标签为Transcriptomics，不涉及基因组、蛋白质组或其他组学层面。其结论主要围绕ESR1 mRNA水平与他莫昔芬耐药的关系，但关于其他潜在耐药机制或临床变量，源站未提供。因此，在使用时需注意数据范围的局限性。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制或版权信息，源站未提供。用户在使用时应自行查阅来源站omicsdi.org的相关页面，以获取准确的引用与许可要求。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-12665
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
他莫昔芬预防试验中浸润性乳腺癌事件的基因表达谱分析证实，低雌激素受体mRNA水平是雌激素受体阳性乳腺癌中他莫昔芬耐药的主要决定因素。在NSABP乳腺癌预防试验（BCPT）中，他莫昔芬降低了雌激素受体（ER）阳性肿瘤的发生率，但未降低雌激素受体阴性乳腺癌的发生率。更重要的是，他莫昔芬仅预防了69%的雌激素受体阳性肿瘤。他莫昔芬组中出现的ER阳性肿瘤为获得性他莫昔芬耐药提供了理想的临床模型。基于NSABP试验B14的数据，该数据显示辅助他莫昔芬的获益程度可由编码ER-α的ESR1 mRNA水平线性预测，我们预先假设，与BCPT安慰剂组相比，他莫昔芬组中出现的ER阳性肿瘤的ESR1 mRNA水平较低。
关键词：基因表达谱分析 在BCPT研究揭盲前，264例浸润性乳腺癌患者（安慰剂组175例，他莫昔芬组89例）中，有108例（安慰剂组69例，他莫昔芬组39例）提供了肿瘤组织充足的福尔马林固定石蜡包埋肿瘤块，可用于RNA提取。中心ER免疫组化检测确定其中84例为ER阳性（安慰剂组57例，他莫昔芬组27例）。开发并采用了一种新方案，从福尔马林固定石蜡块中提取的降解或片段化RNA获取微阵列基因表达谱。使用Partek Genomic Suite软件汇编杂交强度数据。经过分位数归一化后，平均强度低于500的基因被滤除，剩余7743个探针具有信息性数据。数据经log2转换以进行统计分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
