FOXM1 Cistrome预测乳腺癌转移结局优于FOXM1表达水平或肿瘤增殖指数 [RNA-Seq]
数据基于RNA-Seq，结合ChIP-Seq分析，用于识别乳腺癌细胞（MCF-7）中FOXM1的靶基因，其中FOXM1表达由细胞增殖诱导或被p53上调抑制
![FOXM1 Cistrome Predicts Breast Cancer Metastatic Outcome Better Than FOXM1 Expression Levels or Tumor Proliferation Index [RNA-Seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/61182_v20261103115530.jpg)
基本信息
资源简介
FOXM1 Cistrome预测乳腺癌转移结局优于FOXM1表达水平或肿瘤增殖指数 [RNA-Seq]
FOXM1 Cistrome Predicts Breast Cancer Metastatic Outcome Better Than FOXM1 Expression Levels or Tumor Proliferation Index [RNA-Seq] 是一个聚焦乳腺癌的转录组学数据集，分类归属于肿瘤/乳腺癌领域，来源站为 omicsdi.org。该数据集围绕关键转录因子 FOXM1 展开，旨在通过 RNA-Seq 数据结合 ChIP-Seq 分析，识别乳腺癌细胞（MCF-7）中 FOXM1 的靶基因。研究中 FOXM1 的表达状态由两种条件调控：一是由细胞增殖诱导，二是由 p53 上调所抑制。该数据集的核心价值在于为探索 FOXM1 在雌激素受体阳性（ER+）与雌激素受体阴性（ER-）乳腺癌临床结局中的驱动作用提供转录层面的数据支撑，主题标签为 Transcriptomics。
【数据集背景】
FOXM1 是一个关键的转录因子，参与调控细胞周期进程、DNA 损伤响应以及一系列其他癌症标志性特征。然而，FOXM1 在驱动雌激素受体阳性（ER+）与雌激素受体阴性（ER-）乳腺癌临床结局方面的作用，尤其是其 cistrome（即全基因组结合位点集合）层面的角色，此前尚未被明确界定。该数据集正是针对这一未定义的科学问题而构建，试图从 FOXM1 靶基因识别的角度，为理解乳腺癌转移结局提供比 FOXM1 表达水平或肿瘤增殖指数更优的预测依据。
【数据内容】
该数据集属于 RNA-Seq 类型，同时结合了染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）与 RNA 测序（RNA-Seq）分析。数据内容涉及在乳腺癌细胞（MCF-7）中识别 FOXM1 的靶基因。实验设计中，FOXM1 的表达被两种方式调控：一种是通过细胞增殖诱导其表达，另一种是通过 p53 上调抑制其表达。数据集的主题标签为 Transcriptomics，表明其核心数据为转录组层面的测序信息。关于样本数量、测序深度、具体基因列表等详细内容，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 omicsdi.org。根据源站描述，研究采用 ChIP-Seq 与 RNA-Seq 联合分析的方法，在 MCF-7 乳腺癌细胞系中开展 FOXM1 靶基因的识别工作。细胞模型中 FOXM1 的表达状态通过细胞增殖诱导或 p53 上调抑制两种条件进行控制。关于具体的实验平台、试剂、测序仪器、数据处理流程等采集细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌相关的基础与转化研究，尤其是涉及 FOXM1 转录因子功能、ER+ 与 ER- 乳腺癌临床结局差异、以及转移预后预测标志物探索的场景。由于数据同时包含 ChIP-Seq 与 RNA-Seq 信息，可用于分析 FOXM1 在全基因组范围内的靶基因结合情况及其对转录表达的影响。此外，该数据集也可用于比较 FOXM1 cistrome 与 FOXM1 表达水平或肿瘤增殖指数在预测乳腺癌转移结局方面的表现差异。关于具体的适用分析工具或软件，源站未提供。
【使用方法】
该数据集为 RNA-Seq 类型，结合 ChIP-Seq 分析，用户可根据转录组学常规分析流程对数据进行处理。使用时应关注 FOXM1 表达被细胞增殖诱导或被 p53 上调抑制这两种实验条件，以便在差异表达分析或靶基因识别中区分不同调控状态。由于数据涉及 MCF-7 乳腺癌细胞系，分析结果需结合该细胞系的背景特征进行解读。关于数据下载方式、文件格式、预处理步骤等具体使用方法，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于 ChIP-Seq 与 RNA-Seq 联合分析，针对 MCF-7 乳腺癌细胞系中 FOXM1 靶基因进行识别，实验条件明确涉及细胞增殖诱导与 p53 上调抑制两种 FOXM1 表达调控方式。然而，关于数据质量评估指标、重复次数、统计效力、批次效应控制等信息，源站未提供。此外，该数据集仅涉及 MCF-7 细胞系，其结论向其他乳腺癌细胞系或临床样本的外推能力需谨慎评估。关于数据的具体限制说明，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式与许可信息，源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-73370
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
FOXM1 是调控细胞周期进程、DNA 损伤应答以及一系列其他癌症标志性特征的关键转录因子，但 FOXM1 顺式调控组在驱动雌激素受体阳性（ER+）与 ER 阴性（ER-）乳腺癌临床结局中的作用仍不明确。采用染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）结合 RNA 测序（RNA-Seq）分析，鉴定乳腺癌细胞（MCF-7）中的 FOXM1 靶基因；在这些细胞中，FOXM1 表达或由细胞增殖诱导，或受 p53 上调抑制。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
