乳腺癌乳腺组织显微活检测序样本数据集
该数据集来自 omicsdi.org，包含 40 名因乳腺癌接受乳房切除术的女性乳腺组织显微活检样本的测序数据，覆盖正常乳腺组织及可获取的肿瘤组织
基本信息
资源简介
乳腺癌乳腺组织显微活检测序样本数据集
EGAS00001003528-sc-2023-03-08T10:31:12Z - samples 是一个聚焦乳腺癌的基因组学数据集，来源于 omicsdi.org，归类于肿瘤/乳腺癌方向。该数据集收录了 40 名因乳腺癌接受乳房切除术的女性乳腺组织显微活检样本的测序数据，样本覆盖正常、未受影响的乳腺组织，以及在可获取情况下的肿瘤组织。研究采用激光显微切割（LCM）获取显微活检样本并进行测序，旨在评估组织内的突变负荷、突变谱与克隆动态，并比较正常组织与相关癌组织之间的差异。数据集还涉及对初步靶向数据中显示有前景的样本开展全基因组测序，相关结果将与接受美容性乳房缩小手术的女性及 BRCA 携带者进行比较。该数据集包含截至 2023 年 3 月 8 日该项研究可用的全部数据。
【数据集背景】
该数据集围绕乳腺癌患者的乳腺组织展开研究。研究对象为 40 名因乳腺癌而接受乳房切除术的女性。研究的核心目标是在组织层面评估突变负荷、突变谱以及克隆动态，并将正常、未受影响的乳腺组织与相关的癌组织进行比较。研究设计还包含一个延伸比较框架：一部分研究结果将与接受过美容性乳房缩小手术的女性以及 BRCA 携带者进行对照，以提供更广泛的参照背景。数据集的主题标签为 Genomics，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌。
【数据内容】
数据集包含来自上述 40 名女性的乳腺组织显微活检样本的测序数据。样本类型包括正常、未受影响的乳腺组织，以及在可能的情况下获取的肿瘤组织。数据涉及两类测序工作：一是对激光显微切割（LCM）来源的显微活检样本进行测序；二是在初步靶向数据中识别出有前景的样本后开展全基因组测序。数据集包含截至 2023 年 3 月 8 日该项研究可用的全部数据。关于样本的具体数量、测序深度、数据文件格式与总数据量，源站未提供。
【采集与来源】
样本采集自因乳腺癌接受乳房切除术的女性，共 40 名。组织样本通过激光显微切割（LCM）从乳腺组织中获取显微活检样本，随后进行测序。取样同时针对正常、未受影响的乳腺组织，并在可能的情况下针对肿瘤组织。数据来源站为 omicsdi.org。关于样本采集的具体时间跨度、伦理审批信息与机构信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌相关的基因组学研究，尤其是关注正常乳腺组织与肿瘤组织之间突变负荷、突变谱与克隆动态比较的分析。由于数据涵盖激光显微切割来源的显微活检样本测序以及部分样本的全基因组测序，可用于探索组织水平上的体细胞突变特征与克隆演化。研究设计中与美容性乳房缩小手术女性及 BRCA 携带者的比较框架，也提示该数据可用于相关对照分析场景。关于具体的分析流程与下游应用，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据下载方式、文件组织格式、推荐的分析工具与流程等。
【质量与限制】
该数据集包含截至 2023 年 3 月 8 日该项研究可用的全部数据。样本来源于 40 名因乳腺癌接受乳房切除术的女性，肿瘤组织的获取取决于实际可获取情况，因此并非所有样本都包含肿瘤组织数据。全基因组测序仅针对初步靶向数据中识别为有前景的样本开展。关于数据质量评估指标、批次信息、覆盖度与污染控制等，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001010117
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
对40名因乳腺癌接受乳房切除术的女性中通过激光捕获显微切割（LCM）获得的微生物活检样本进行测序。将对未受影响的正常乳房组织以及在可能的情况下对肿瘤组织进行LCM和测序。目标是评估组织内的突变负荷、突变谱和克隆动态，并比较正常组织与相关癌组织之间的发现。将对从初始靶向数据中确定为有前景的样本进行全基因组测序。本部分研究的结果将与接受美容性乳房缩小手术的女性以及BRCA携带者进行比较。本数据集包含截至2023年3月8日本研究可用的所有数据。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
