基本信息

模态

医学影像

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-11-03

资源简介

EGAS00001003525-sc-2023-03-08T10:37:23Z 样本数据集

EGAS00001003525-sc-2023-03-08T10:37:23Z - samples 是一个聚焦乳腺癌组织基因组变异的研究数据集，来源于 omicsdi.org，归入肿瘤 / 乳腺癌分类，主题标签为 Genomics。该数据集收录了 40 名因乳腺癌接受乳房切除术的女性经激光显微切割（LCM）获得的微活检样本的测序数据，取样范围覆盖正常未受累的乳腺组织，并在条件允许时纳入肿瘤组织。研究旨在评估组织内的突变负荷、突变谱与克隆动态，并比较正常组织与相关癌组织之间的差异。数据集包含截至 2023 年 3 月 8 日该研究可用的全部数据，可为乳腺癌正常组织与肿瘤组织的基因组对比研究提供样本层面的数据基础。

【数据集背景】

该数据集围绕乳腺癌手术标本的组织层面基因组研究而建立。研究纳入 40 名因乳腺癌接受乳房切除术的女性，通过对显微切割获得的微活检组织进行测序，考察乳腺组织内部的突变负荷、突变谱以及克隆演化动态。研究的核心比较对象是同一名女性体内正常、未受累的乳腺组织与肿瘤组织，目的是观察两者在突变特征上的异同。此外，源站描述还提到，该部分研究的结果将与接受美容性乳房缩小手术的女性以及 BRCA 携带者进行比较，从而在更广泛的对照背景下理解所观察到的突变模式。数据集主题标签为 Genomics，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌。

【数据内容】

该数据集包含上述研究截至 2023 年 3 月 8 日可用的全部数据。数据主体为 LCM 来源微活检样本的测序数据，样本来自 40 名接受乳房切除术的乳腺癌女性，涵盖正常未受累乳腺组织以及可行时采集的肿瘤组织。源站描述指出，研究先开展靶向数据，并在此基础上对被认为有前景的样本进行全基因组测序。因此，数据集涉及靶向测序与全基因组测序两类测序内容，具体样本数量、测序平台、读长、覆盖度、数据文件格式与总数据量等信息，源站未提供。

【采集与来源】

样本采集对象为因乳腺癌接受乳房切除术的女性，共 40 名。组织样本通过激光显微切割（LCM）从手术标本中获取微活检组织，取样部位包括正常、未受累的乳腺组织，并在可能的情况下包括肿瘤组织。测序在 LCM 获得的微活检样本上进行。数据集来源站为 omicsdi.org，数据集英文名中包含样本标识与时间戳信息，反映该版本数据对应的时间节点为 2023 年 3 月 8 日。关于样本采集的具体临床流程、伦理审批信息、样本入库与处理细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于乳腺癌组织基因组学的相关研究场景，包括：评估乳腺正常组织与肿瘤组织中的突变负荷与突变谱；分析组织内部克隆动态与克隆演化；比较正常未受累组织与相关癌组织的基因组差异；以及将上述结果与美容性乳房缩小手术女性和 BRCA 携带者的数据进行对照分析。由于数据涉及显微切割微活检样本的测序，也可用于探索小体积组织样本在体细胞突变检测与克隆结构解析中的分析方法。具体分析类型与适用范围应以源站描述为准，源站未提供更详细的适用建议。

【使用方法】

源站描述提到研究采用先靶向测序、后对 promising 样本开展全基因组测序的策略，但未提供数据下载方式、文件组织方式、参考基因组版本、数据处理流程或分析工具等操作层面的说明。因此，关于如何获取与使用该数据集的具体步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为特定研究在 2023 年 3 月 8 日时点的可用数据集合，样本量为 40 名女性，取样覆盖正常组织及可行时的肿瘤组织，部分样本可能缺少肿瘤组织。源站未提供测序质量指标、样本排除标准、数据完整性评估或批次效应等信息。使用时应注意到数据集仅反映该研究在该时间点的数据状态，后续更新情况源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式、发表文献、数据许可协议或使用条款等信息。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001010114

访问原始数据

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数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001010114

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对40名因乳腺癌接受乳房切除术的女性中通过激光捕获显微切割（LCM）获得的微生物活检样本进行测序。将对未受影响的正常乳房组织以及在可能的情况下对肿瘤组织进行LCM和测序。目标是评估组织内的突变负荷、突变谱和克隆动态，并比较正常组织与相关癌组织之间的发现。将对从初始靶向数据中确定为有前景的样本进行全基因组测序。本部分研究的结果将与接受美容性乳房缩小手术的女性以及BRCA携带者进行比较。本数据集包含截至2023年3月8日本研究可用的所有数据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别