EGAS00001003311 乳腺组织显微活检样本数据集
该数据集来自 omicsdi.org，属于肿瘤/乳腺癌分类，包含10名接受缩乳术女性的LCM来源显微活检样本测序数据。研究旨在评估组织内的突变负荷、突变谱和克隆动态，对初步靶向数据中显示有前景的样本进行全基因组测序，并与乳腺癌女性及BRCA 1/2携带者进行比较
基本信息
资源简介
EGAS00001003311 乳腺组织显微活检样本数据集
EGAS00001003311-sc-2023-03-08T10:25:32Z - samples 是一个收录于 omicsdi.org 的基因组学数据集，归入肿瘤/乳腺癌分类。该数据集包含来自 10 名接受缩乳术女性的激光捕获显微切割（LCM）来源显微活检样本的测序数据。研究目标是评估组织内的突变负荷、突变谱和克隆动态，并对初步靶向数据中显示有前景的样本开展全基因组测序，所得结果将与乳腺癌女性及 BRCA 1/2 携带者进行比较。数据集收录了截至 2023 年 3 月 8 日该研究可用的全部数据。
【数据集背景】
该数据集的研究背景聚焦于乳腺组织的体细胞突变特征。研究对象为接受缩乳术的女性，通过激光捕获显微切割从组织中获取显微活检样本，以便在较小、较明确的组织区域上开展测序分析。研究的核心目标包括评估组织内的突变负荷、突变谱以及克隆动态。研究设计还包含比较环节：将本部分研究的结果与乳腺癌女性以及 BRCA 1/2 携带者的结果进行对比。这一设计意图在于把非癌乳腺组织中的突变与癌症状态及遗传易感状态联系起来考察。数据集的主题标签为 Genomics，所属分类为肿瘤/乳腺癌。
【数据内容】
数据集包含 10 名接受缩乳术女性的 LCM 来源显微活检样本的测序数据。测序策略分为两个层次：先进行初步的靶向数据采集，再对其中被识别为有前景的样本开展全基因组测序。因此，数据内容涵盖靶向测序数据与全基因组测序数据两类，具体样本数量、测序深度、覆盖范围、文件格式与数据规模等细节，源站未提供。数据集名称中的“samples”表明其以样本为单位组织数据。数据集收录了截至 2023 年 3 月 8 日该研究可用的全部数据。
【采集与来源】
样本来自 10 名接受缩乳术的女性，通过激光捕获显微切割（LCM）从组织中获取显微活检样本。数据来源站为 omicsdi.org，数据集标识为 EGAS00001003311-sc-2023-03-08T10:25:32Z - samples。样本采集的具体机构、伦理审批信息、知情同意细节以及测序平台与试剂信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺组织体细胞突变相关的研究场景，包括评估乳腺组织的突变负荷与突变谱、分析组织内克隆动态，以及将非癌乳腺组织的突变特征与乳腺癌患者及 BRCA 1/2 携带者进行比较研究。由于数据包含 LCM 显微活检样本的靶向测序与全基因组测序数据，也可用于方法学层面的探索，例如小区域组织样本的突变检测策略。具体分析类型与适用范围，源站未提供更多说明。
【使用方法】
使用该数据集时，可依据样本标识区分不同个体的 LCM 显微活检样本，并区分初步靶向数据与全基因组测序数据两个层次。分析时可围绕突变负荷、突变谱和克隆动态等研究目标展开，并将结果与乳腺癌女性及 BRCA 1/2 携带者的数据进行比较。数据访问方式、下载渠道、文件组织结构和配套分析流程，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集仅包含 10 名接受缩乳术女性的样本，样本量有限。数据覆盖范围为截至 2023 年 3 月 8 日该研究可用的全部数据，后续是否更新，源站未提供。测序质量指标、样本合格标准、批次信息以及潜在偏倚等质量控制细节，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可条款与使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001010109
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
对10名接受缩乳术的女性进行LCM来源的微生物活检测序。目的是评估组织内的突变负荷、突变谱和克隆动态。将对从初始靶向数据中确定为有前景的样本进行全基因组测序。本部分研究的结果将与乳腺癌女性以及BRCA 1/2携带者进行比较。本数据集包含截至2023年3月8日本研究可用的所有数据。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
