CSF1R抑制对转移性上皮细胞基因表达的影响

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-55855

标准获取流程：

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

转移是乳腺癌患者死亡的主要原因。肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）是介导肿瘤转移级联多个步骤的活跃协作者，但调控这一协作的分子细节仍不明确。集落刺激因子1（CSF1）是巨噬细胞分化和存活的关键因子，其功能在于将TAMs招募至原发肿瘤部位，抗CSF1疗法正处于临床试验中。在本研究中，我们在乳腺癌转移小鼠模型中测试了抑制巨噬细胞中CSF1信号传导对转移性肿瘤细胞基因表达的影响。从对照组和CSF1R抑制剂处理小鼠的肺转移灶中分选肿瘤细胞。CSF1R抑制剂处理显著影响了若干促肿瘤过程，包括血管生成和肿瘤细胞增殖。此外，源自该数据的29个基因特征能够回顾性预测一组luminal B乳腺癌患者的生存期。总体而言，我们的结果凸显了利用CSF1R抑制剂治疗转移性乳腺癌的实用性。

将GFP标记的MVT1转移性乳腺肿瘤细胞经静脉注射到FVB/N小鼠体内。注射后一周开始，给小鼠灌胃给予CSF1R抑制剂GW2580或溶媒。注射后1周和2周，分别从2只溶媒处理小鼠的转移性肿瘤肺组织中分选GFP标记的肿瘤细胞，分别记为1_week_WT和2_week_WT。同时从灌胃给予GW2580的小鼠中分选GFP标记的肿瘤细胞，这些样本记为2_week_GW。提取RNA，并使用Affymetrix Mouse Genome 430 2.0 Array平台进行基因表达谱分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。