重症COVID-19中脑与脉络丛细胞类型的失调

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/59c9ecfe-c47d-4a6a-bab0-895cc0c1942b

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

尽管SARS-CoV-2主要影响呼吸系统，但COVID-19患者及康复者可能遭受神经系统症状。然而，对于COVID-19患者大脑中受影响的细胞和分子过程的全面理解尚付阙如。本研究通过分析来自14名对照组个体（包括1例终末期流感患者）和8名COVID-19患者的30份额叶皮层和脉络丛样本中的65,309个单核转录组，发现尽管系统分析未在大脑中检测到SARS-CoV-2的分子痕迹，但我们观察到广泛的细胞扰动，表明脉络丛的屏障细胞能感知并将外周炎症传递至大脑，并显示外周T细胞浸润至脑实质。我们发现了与COVID-19相关的微胶质细胞和星形胶质细胞亚群，这些亚群与先前报道的人类神经退行性疾病中的病理细胞状态有共同特征。在COVID-19中，上层兴奋性神经元的突触信号——这些神经元在人类进化中扩大并与认知功能相关——特别受到影响。

在多种细胞类型中，与COVID-19相关的扰动与慢性脑部疾病中发现的扰动重叠，并且存在于与认知、精神分裂症和抑郁症相关的遗传变异中。我们的发现和公共数据集提供了一个分子框架，以理解当前观察到的COVID-19相关神经系统疾病，以及未来可能出现的任何此类疾病。疾病：COVID-19、吸入性肺炎、乳腺癌、心肌病、慢性阻塞性肺疾病、心脏疾病、流感、恶性胰腺肿瘤。组织：脉络丛、内侧眶额皮质。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。