低温活性蛋白酶解离实体肿瘤组织用于单细胞RNA-seq可减少胶原酶相关应激反应

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001003753

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景 单细胞RNA测序（scRNAseq）是研究复杂生物系统（如肿瘤异质性和组织微环境）的有力工具。然而，对于scRNAseq而言，原发性实体瘤组织和患者来源的小鼠异种移植物中技术和生物学变异的来源尚不明确。在此，我们采用低温（6°C）蛋白酶和胶原酶（37°C）方法，在一个包含128,481个细胞的多样化scRNAseq数据集中，识别与组织解离相关的转录特征，该数据集涵盖患者癌症组织、患者来源的乳腺癌异种移植物及癌细胞系。结果 我们观察到，在不同条件和组织间，细胞活力的标准质量控制（QC）指标存在显著变异。通过对细胞活力设门分选的FACS群体进行分析，我们鉴定出一个可通过标准数据过滤流程的死亡细胞亚群，并量化了其转录组与活细胞之间的差异程度。我们进一步鉴定出另一个转录组层面“濒死”的细胞亚群，其表现为MHC I类转录本上调，与活细胞和完全死亡细胞形成对比。

通过比较37°C或6°C下组织蛋白酶解离的差异，我们观察到胶原酶消化会引发应激反应。我们鉴定出一组由胶原酶（37°C）诱导的核心基因集，包含512个热休克和应激反应基因，其中包括FOS和JUN，而使用冷活性蛋白酶（6°C）解离可最大程度减少这些基因的诱导。尽管这些基因的诱导在所有细胞类型中高度保守，但在患者组织中观察到了对胶原酶消化的细胞类型特异性反应。我们观察到癌细胞和非癌细胞类型的产量因组织和解离方法而异。结论：肿瘤解离的方法和条件影响细胞产量和转录组状态，且均依赖于组织和细胞类型。对癌症单细胞中应激通路表达差异的解读

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。