NDRG4启动子高甲基化相关甲基化、表达水平与临床数据数据集
该数据集来自doi.org，包含与NDRG4启动子高甲基化研究相关的四个Excel数据文件，涉及甲基化、表达水平和临床数据
基本信息
资源简介
NDRG4启动子高甲基化相关甲基化、表达水平与临床数据数据集
Dataset holding methylation, expression level and clinical data related to NDRG4 promoter hypermethylation: a mechanistic biomarker associated with metastatic progression in breast cancer patients
该数据集来自doi.org，包含与NDRG4启动子高甲基化研究相关的四个Excel数据文件，涉及甲基化、表达水平和临床数据。研究聚焦NDRG4在正常乳腺组织中的表达，以及DNA启动子高甲基化在乳腺原发肿瘤和肿瘤细胞系中的作用，并探讨其作为乳腺癌转移机制生物标志物的潜力。数据可用于分析NDRG4高甲基化与转移进展的关联，辅助评估转移风险，为乳腺癌转移相关生物标志物研究提供支持（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《NDRG4 promoter hypermethylation is a mechanistic biomarker associated with metastatic progression in breast cancer patients》发表于 npj Breast Cancer（2019），DOI：10.1038/s41523-019-0106-x。项目资助方：This work was supported by grants from: FAPESP – 652 São Paulo Research Foundation (2009/53819-1) and LICR.。源站首次发布：2019-04-09。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：该数据集包含支持相关出版物的数据：NDRG4启动子高甲基化：一种与乳腺癌患者转移进展相关的机制生物标志物。数据由四个.xlsx MS Excel数据文件组成，这些文件也是相关出版物的补充信息文件。背景：N-Myc下游调节基因4（NDRG4）是一种细胞内蛋白，主要在正常脑和心脏中表达。相关研究探讨了NDRG4在正常乳腺组织中表达的作用，以及DNA启动子高甲基化在乳腺原发肿瘤和肿瘤细胞系中的相关影响，同时探讨NDRG4启动子高甲基化作为乳腺癌转移机制生物标志物的潜力。该方法代表了一种评估发生转移性疾病风险的方法，可替代例如简单的腋窝阳性数量。
【数据结构与技术规格】
文件数 4 个，合计 2.42 MB。数据集 DOI：10.6084/m9.figshare.7553657.v1。
【主题与分类】
源站学科分类：Cancer Cell Biology、Cancer、Cancer Genetics、Gene Expression (incl. Microarray and other genome-wide approaches)、Epigenetics (incl. Genome Methylation and Epigenomics)。主题标签：cancer mechanistic biomarker、metastatic progression、breast cancer、integrin、NDRG4、metastasis、migration、biomarker、protein biomarkers、intracellular protein。本站分类：肿瘤/乳腺癌。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Cancer Cell Biology、Cancer、Cancer Genetics、Gene Expression (incl. Microarray and other genome-wide approaches)、Epigenetics (incl. Genome Methylation and Epigenomics)。
【获取与许可】
源站页面：https://springernature.figshare.com/articles/dataset/Dataset_holding_methylation_expression_level_and_clinical_data_related_to_NDRG4_promoter_hypermethylation_a_mechanistic_biomarker_associated_with_metastatic_progression_in_breast_cancer_patients/7553657
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Jandrey, Elisa; Moura, Ricardo; N. S. Andrade, Luciana; Maria Longo Machado, Camila; Campesato, Luiz Felipe; Leite, Katia Ramos Moreira; et al. (2019). Dataset holding methylation, expression level and clinical data related to NDRG4 promoter hypermethylation: a mechanistic biomarker associated with…
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-05-30，引用时请注意版本时效。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.7553657
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 2.4 MB。
数据说明
该数据集包含支持相关出版物的数据：NDRG4启动子高甲基化：一种与乳腺癌患者转移进展相关的机制性生物标志物。数据由四个.xlsx MS Excel数据文件组成，这些文件也是相关出版物中的补充信息文件。背景：N-Myc下游调节基因4（NDRG4）是一种细胞内蛋白，主要在正常脑和心脏中表达。相关研究探讨了NDRG4表达在正常乳腺组织中的作用，以及DNA启动子高甲基化在乳腺原发肿瘤和肿瘤细胞系中的相关影响，同时探讨了NDRG4启动子高甲基化作为乳腺癌转移机制性生物标志物的潜力。该方法代表了一种评估转移性疾病发生风险的方法，可替代例如简单的腋窝阳性淋巴结数量结合临床病理因素的方法。所提出的分子方法使用多基因表达面板，涉及对一组癌症相关基因的分析。
研究设计与样本量概述：为探讨NDRG4启动子甲基化及其表达水平与患者临床病理参数及预后之间的关系，通过MethSurv将782例患者分为高甲基化组和低甲基化组，并对NDRG4启动子甲基化进行了生存分析。同时，在来自AC Camargo癌症中心（ACC）的61例浸润性乳腺导管癌患者现有队列中，探讨了NDRG4甲基化的存在与公认预后因素之间的相关性。方法包括对64个基因进行微阵列分析——其中11个基因通过MsigDB进行查询，以及利用从癌症基因组图谱（TCGA）通过MethHC数据库获得的配对正常乳腺组织和原发性乳腺肿瘤进行计算机模拟表达和甲基化分析。数据文件的格式与内容：所引用的图和表编号为r的图和表编号。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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