可重复的药物基因组学分析流程数据集
PSet 是整合了细胞系与药物整理、处理后药物敏感性及分子谱数据的药物基因组学数据对象，覆盖 OHSU 乳腺癌筛选与 UHN 乳腺癌筛选
基本信息
资源简介
可重复的药物基因组学分析流程数据集
Creating reproducible pharmacogenomic analysis pipelines
该数据集由可重复的 PharmacoGx CWL 工作流生成，包含 GRAY（2013、2017）与 UHNBreast（2017、2019）的 PharmacoSet（PSet）及其对应的 Research Object。PSet 是整合了细胞系与药物整理、处理后药物敏感性及分子谱数据的药物基因组学数据对象，覆盖 OHSU 乳腺癌筛选与 UHN 乳腺癌筛选。数据可用于乳腺癌药物基因组学的可重复分析流程构建与验证（来源 DataONE）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：该数据集包含通过我们的可重复 PharmacoGx CWL 工作流生成的以下数据：1. GRAY（2013、2017）、UHNBreast（2017、2019）PharmacoSet（PSet）2. 每个对应 PSet 的 Research Object。PSet 是一种数据对象，拥有细胞系和药物整理、处理后的药物敏感性以及药物基因组学数据集的分子谱数据。我们已为 Dr. Joe Gray 实验室生成的俄勒冈健康与科学大学（OHSU）乳腺癌筛选的多个更新版本以及大学健康网络（UHN）乳腺癌筛选（UHNBreast）创建了 PSet。
【主题与分类】
主题标签：Medicine, Health and Life Sciences。本站分类：肿瘤/乳腺癌。
【获取与许可】
源站页面：https://search.dataone.org/view/sha256%3Afe8b77dfc728588fe61b8fed7664a6dae63b2cbb1e6cac1d647a9ffd56093b41
下载信息
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免登录有偿下载
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含通过我们可复现的PharmacoGx CWL工作流生成的以下数据：1. GRAY（2013，2017）、UHNBreast（2017，2019）PharmacoSet（PSet）2. 每个相应PSet的研究对象。PSet是一种数据对象，拥有细胞系和药物整理、处理后的药物敏感性以及药物基因组数据集的分子谱数据。我们已为俄勒冈健康与科学大学（OHSU）乳腺癌筛查的多个更新版本创建了PSet，该筛查在Joe Gray博士实验室生成，以及大学健康网络（UHN）乳腺癌筛查（UHNBreast）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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