染色质化PKC-q直接调控上皮间质转化与乳腺癌干细胞诱导基因

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-53320

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

上皮-间质转化（EMT）在癌症侵袭和转移过程中被激活，富集癌症干细胞（CSCs），并促进治疗耐药和疾病复发。信号转导激酶作为染色质锚定蛋白在真核生物中发挥关键作用。本文首次报道蛋白激酶C-θ（PKC-θ）通过TGF-β和关键炎症调控蛋白NFκB作为可诱导基因的关键染色质锚定开关来调控EMT。染色质化的PKC-θ以活性转录复合物的形式存在，并且是建立特征性EMT基因许可性染色质状态所必需的。全基因组分析鉴定出一组独特的可诱导PKC-θ敏感基因，这些基因在间质状态下直接与PKC-θ结合。总之，我们表明信号激酶与染色质之间的交互作用对于引发驱动间质分化和CSC形成的可诱导转录程序至关重要，为乳腺癌的表观遗传治疗提供了新的靶向机制。

分析了2份生物学样本，从每个生物学处理中获取了免疫沉淀样本和总输入样本。进行了2次技术重复（来自样本文库制备的样本在两个不同的泳道上运行）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。